|
Использование сервисов PDB
Для скачивания с сервиса PDB я выбрала метилтрансферазы в хорошем разрешении
РСА (нашлось 77 структур). Затем оставила только структуры со сходством не более 50 % (43 структура). Строка запроса на сайте в итоге
выглядит так:
Representative Structures at 50% Sequence Identity of Entries of :Molecule Name Search
for : methyltransferase and Resolution is 1.499 or less
Таблица была получена, обнако в ней почему-то
оказалось не 43 структуры, а 40 и колонка "EM Resolution". Так как все эти структуры определялись с помощью РСА, последнее
не так страшно, значения такие же как и в колонке просто "Resolution" [уточнение: на лекции уже рассказали, что это не одно
и то же]. (Я проверила, что при другом произвольном запросе
выдаются все структуры (то есть 40 - это не ограничение по количеству), но так же остается пустой колонка "EM Resolution").
Файл с последовательностями всех белков
в fasta-формате был получен для всех 43 структур (в задании сказано, что он должен быть для всех белков, удовлетворяющих
условию из первого пункта задания). Файлы структур (PDB формат, но можно и другие) я тоже скачала для всех (почему это надо
делать через Java Web Start?), они
доступны по ссылке.
|