Главная
Семестр 1
Семестр 2
Семестр 3
Семестр 4
Семестр 7
О себе
Ссылки

Использование сервисов PDB

Для скачивания с сервиса PDB я выбрала метилтрансферазы в хорошем разрешении РСА (нашлось 77 структур). Затем оставила только структуры со сходством не более 50 % (43 структура). Строка запроса на сайте в итоге выглядит так:

Representative Structures at 50% Sequence Identity of Entries of :Molecule Name Search for : methyltransferase and Resolution is 1.499 or less

Таблица была получена, обнако в ней почему-то оказалось не 43 структуры, а 40 и колонка "EM Resolution". Так как все эти структуры определялись с помощью РСА, последнее не так страшно, значения такие же как и в колонке просто "Resolution" [уточнение: на лекции уже рассказали, что это не одно и то же]. (Я проверила, что при другом произвольном запросе выдаются все структуры (то есть 40 - это не ограничение по количеству), но так же остается пустой колонка "EM Resolution").

Файл с последовательностями всех белков в fasta-формате был получен для всех 43 структур (в задании сказано, что он должен быть для всех белков, удовлетворяющих условию из первого пункта задания). Файлы структур (PDB формат, но можно и другие) я тоже скачала для всех (почему это надо делать через Java Web Start?), они доступны по ссылке.