Главная
Семестр 1
Семестр 2
Семестр 3
Семестр 4
Семестр 7
О себе
Ссылки

Изучение файла структурных факторов

Структурные факторы, полученные в РСА, храняться в специальном файле в формате mmCIF. Загрузить его можно с сайта PDB, что и было сделано для структуры 3Q4D (моего белка). На основе этого файла была сделана таблица, содержащая значения средних измерений структурных факторов и стандартных отклонений для всех измереннных троек (h,k,l), и прибавлен еще один столбец -- сила сигнала.

В столбце "status" содержится информация о том, использовалась ли эта тройка (h,k,l) для оптимизации модели "o" или для контроля "f". Еще в этой колонке может стоять "x" для "пропущенных" троек, для которых нет данных измерений, но есть рассчитанные факторы и фазы. По данным из заголовка файла структурных факторов h ∈ [-32;32], k ∈ [0;54], l ∈ [0;62]. Приведу пример нескольких "пропущенных" троек: (-28,0,1), (0,5,1), (2,0,2), (1,0,4), (-10,40,5) и другие.

Всего в файле записаны данные о 116941 тройке, из которых 346 имеют статус "x", 110765 имеют статус "o" и 5830 имеют статус "f". 114874 структурных факторов из 116595 (98.5%) имеют силу сигнала не менее 3.