Расчет вторичной структуры

Для сравнения в определении вторичной структуры был использован белок из первого семестра: mandelate racemase/muconate lactonizing family protein из генома бактерии Cytophaga hutchinsonii, штамм ATCC 33406. PDB ID 3Q4D, для удобства я буду изучать только цепь A, так как все 9 цепей очень похожи. Я выбрала для сравнения с файлом PDB результат выдачи программы Stride.

Stride выдает результат в текстовом формате или в визуальном виде (рис. 1). Видно, что в структуре есть три β-мостика (бежевый треугольник): VAL219, PHE325, GLY349.

Рис 1. Результат работы программы Stride для PDB 3Q4D в визуальной форме. Красным цветом показаны α-спирали, зеленым цветом показаны β-листы, синим - 310 спирали.

Я выбрала для сравнения одну α-спираль, одну 310 спираль, один длинный β-тяж и один короткий β-тяж (таблица 1). Результат программы Stride сравнивается с записью в PDB-файле. В строчках HELIX и SHEET указаны спирали и тяжи с координатами, для цепи A на рис. 2. По остаткам видно, что нумерация совпадает.

Рис 2. Коордиаты спиралей и листов цепи A из PDB-файла.