Нахождение гидрофобных кластеров

Для поиска гидрофобных кластеров я выбрала трансмембранный белок 4C4V (рис. 1). Он состоит из двух очень похожих симметричных субъединиц, каждая из которых несет мембранный домен (β-бочка) и внутриклеточный (небольшая глобула).

Рис 1. Выбранный белок 4C4V, состоящий из двух субъединиц, (слева) и положение одной субъединицы в мембране (справа).

В программе CluD я поставила порог на количество атомов в кластере в 10 атомов, а затем подбирала порог по расстоянию. При слишком маленьком пороге находилось много небольших кластеров, в том числе и в β-бочке, и один большой в трансмембранном участке. Этот результат сложно интерпретировать. При пороге в 7Å выделилось три кластера: трансмембранный участок, центры каждой из глобул внутриклеточных доменов (рис. 2 справа). При пороге в 6Å добавляется еще два участка в местах контакта с поверхостью мембраны. Они интересны тем, что показывают неодинаковость субъединиц.

Рис 2. Гидрофобные кластеры при пороге в 6Å (слева) и 7Å (справа).

В этом же белке можно рассмотреть отдельно гидрофобные кластеры на границе цепей, участвующие в их взаимодействии. Я выбрала порог дистанции в 7Å и порог по количеству атомов в 3 атома. В итоге нашлось 4 разноразмерных кластера, по которым видно, что они участвуют в взаимодействии цепей (рис. 3).

Рис 3. Гидрофобные кластеры в месте контакта двух цепей белка 4C4V.