A-, В- и -Z формы ДНК. Структура РНК
Задание 1
Модели структур A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, построенные с помощью программы fiber пакета 3DNA:
find_pair -t 2dlc.pdb stdout | analyze
были получены значения торсионных углов для рассматриваемой молекулы.
ex_str -XX stacking.pdb stepXX.pdb
stack2img -cdolt stepXX.pdb stepXX.ps
Задание 2
Для выполнения задания использовалась B-форма дуплекса ДНК. Среди азотистых оснований был выбран тимин.
Так, атомы t7.n1, t7.c2, t7.o2 обращены в сторону малой бороздки (на рисунке выделены синим), а t7.c4, t7.o4, t7.c5, t7.c7, t7.c6 в сторону большой (на рисунке выделены красным).
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 43.50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 18.5
C36(B)-G9(A) |
17.91
A6(A)-T31(B) |
23.51
C2(A)-C14(B) |
| Ширина малой бороздки | 9.63
C4(A)-A30(B) |
13.2
T31(B)-T15(A |
14.18
C8(A)-C18(B) |
Задание 3
Для анализа мне был предоставлен комплекс тирозил-тРНК синтетазы Saccharomyces cerevisiae.
PDB ID: 2DLC
Упражнение 1
С помощью следующей команды
Упражнение 2
При помощи всё той же программы analyze были определены водородные связи в данной структуре. Результаты представлены в
файле .
Стебли: [501-507,566-572], [549-553, 561-565], [526-528, 542-544], [510-513, 522-525]
Неканонические пары оснований: U504-G569, P555-G518, U542-A528, A544-(M2G)526, A513-A522, A514-U508, G515-(5MC)548, (5MU)554-A558
Дополнительные водородные связи: (5MU)554-A558, P555- G518, A514-U508, G515-(5MC)548, G519-C556
Упражнение 3
Данные о величине перекрывания азотистых оснований представлены в файле. Так, максимальное значение наблюдается у пары G551-C563/C552-G562 (Section #0010) и составляет 12.95. Минимальное (и не равное нулю) значение у A544-(M2G)526/(2MG)510-C525 (Section #0017), которое составляет 1.03.
С помощью следующих команд были получены изображения:
Визуализация стэкинг-взаимодействий в структурах 10 и 17 соответственно.