Факультет Биоинженерии и Биоинформатики МГУ
Страница курса биоинформатики
год поступления 2002

Семестр VI: летний практикум по молекулярной биологии

• Задача 1: Клонирование гена GFP в бактериальный экспрессионный вектор pQE60

Семестр VI: сравнительный анализ пространственных структур макромолекул

Тема 1: введение в рентгеноструктурный анализ белков (Лунин)

• Лекция 1
(PowerPoint)
• Лекция 2
(PowerPoint)
• Лекция 3
(PowerPoint)
• Алексеевский: Элементарные понятия кристаллографии
• Практикум: восстановление "биологической единицы"
• Контрольные вопросы (зачет 1 по контрольной)

Тема 2: введение в ЯМР-спектроскопию (Польшаков)

• Лекция 1
(PowerPoint)
• Лекция 2
(PowerPoint)

Тема 3: Оценка качества расшифровки пространственной структуры белка (Алексеевский)

• Лекция (PowerPoint)
• Дополнительные материалы
• Практикум: анализ ошибок в структурах
• Зачетное задание 2

Тема 4: Анализ структур белков (Алексеевский)

• Примеры (PowerPoint)
• Поверхность белка (PowerPoint)
• Гидрофобные кластеры (PowerPoint)
• Пространственное выравнивание (PowerPoint)
• Домены. Структурные классификации (PowerPoint)
• Практикум: анализ поверхности
• Зачетное задание 3

Тема 5: Симуляция молекулярной динамики (Головин)

• Лекция 1 (PowerPoint)
• Лекция 2 (PowerPoint)
• Задание 1
• Задание 2
• Задание 3
• Дополнение к заданию 3
• Как оформить зачетное задание 4

Головин: вводная лекция о структуре нуклеиновых кислот

Семестр III

Презентации к лекциям по мол. биологии:

• Часть 1 — структуры
• Часть 2 — функции
• Часть 3 — регуляция
• Часть 4 — дополнения

• Кино из лекций по мол. биологии
• Аудиозапись лекции 1 по мол. биологии ( l1 voice01.mp3, l1 voice02.mp3)
• Аудиозапись лекции 2 по мол. биологии ( l2 voice01.mp3, l2 voice02.mp3)
• Аудиозапись лекции 3 по мол. биологии ( l3 voice01.mp3,окончание утеряно. Sorry, AAl)
• Аудиозапись лекции 4 по мол. биологии ( l4 voice01.mp3, l4 voice02.mp3)
• Избранные слайды из презентаций в HTML-формате.

Семестр II

• Выдержки из лекции 1
• Слайды к лекции 1 ("презентация")
• Определение "индекса консервативности" аминокислотного остатка (по результатам заданий 1,2)
• Функциональные группы аминокислотных остатков (по результатам задания 3)
• Матрица аминокислотных замен BLOSUM62
• Некоторые команды системы UNIX
• Некоторые программы пакета EMBOSS
• Как изменить свой почтовый пароль на почтовом сервере belozersky.msu.ru
• Записки к лекции о семействах последовательностей белков
• План лекции о филогенетических деревьях

Семестр I

• Таблица стандартного генетического кода

Семестр III

• Курсовые работы (ноябрь 2003)

Семестр II

• Сводные результаты по частотам а.о. в совокупности всех белков 20 бактерий
• "Индексы консервативности" а.о., расчитанные по 94 выравниваниям из BAliBase
• Функциональное сходство а.о., расчитанное по 306 "исходным блокам" (/Imotifs) выравниваний из PRINTS (на 4 марта 2003)

Семестр I

• FAR manager: инструкции для пользователей
• Каталоги классификаций вирусов
• Обзоры Интернет ресурсов, посвященных различным протистам
• Работы по пространственным структурам белков