Credit_1 (файл ReadMe с названием семейства и, если нужно, комментариями о том что где лежит)
Texts (содержит Protocol, Referat и др. собственные тексты)
InTexts (содержит тексты статей, информацию из интернета и т.п.)
Sequences (все последовательности выборки)
Fasta (полная выборка посл-й в fasta формате и ничего больше)
msf (выравнивания полных посл-й семейства, отдельных доменов, подсемейств)
Detectors (детекторы семейств и подсемейств)
Pattern (файлы *.pat с паттернами, *.fuzzpro с результатами их применений)
HMM (файлы *.hmm с профилями, *.hmmscan с результатами)
Pftools (*.pf, *.pfscan)
3D (трехмерные структуры белков семейства)
Data (xls таблицы и др. файлы со сводными результатами)
Temp (для промежуточных файлов на сеанс работы; мое правило: садясь за компьютер, из этой моей директории могу удалить все файлы не разбираясь. А.Ал.)