Задания (практикум 11)

1. Создайте файл с нуклеотидной последовательность гена Вашего белка.
   Получите эту последовательность из банка данных EMBL, используя возможности пакета EMBOSS.
   См. подсказку к заданию 1 практикума 9.
2. Опишите сценарий "дальнейшей эволюции" Вашего гена
   1. Скопируйте в свою рабочую директорию файл login.txt (отсюда или из директории P:/y03/Term3/Pr_11/trees).
      В этом файле Вы обнаружите скобочную структуру дерева, описывающего судьбу Вашего гена.
   2. Создайте файл отчета — xxx_evolution.doc, где ххх — имя Вашего гена. Скопируйте скобочную структуру в этот файл.
      В данной Вам скобочной структуре расстояния представляют собой число мутаций на 100 п.н.
      Их надо перевести в число мутаций на полную последовательность Вашего гена. Опишите процедуру вычисления этого числа мутаций.
   3. С помощью автофигур редактора Word создайте изображение дерева, соответствующего заданной Вам структуре. Назовите (например, цифрами) все узлы дерева, укажите расстояния (как число мутаций).
3. Получите мутантные последовательности, соответствующие всем узлам Вашего дерева, сохраните их в Вашей директории.
   Подсказка: воспользуйтесь программой msbar пакета EMBOSS. Рекомендуемая последовательность действий:
1. Создайте на pvm специальную директорию для этой работы, скопируйте туда файл с последовательностью вашего гена. Придумайте естественное имя файла для каждой из последовательностей, соответствующих узлам дерева
2. В Вашей рабочей директории на диске Н составьте так называемый скрипт — текстовый файл, каждая строка которого представляет собой команду UNIX. В данном случае строки имеют вид:
   

      msbar infile outfile -point 4 -count n -auto
   

   Подставьте в каждой строке вместо "infile" имя файла с последовательностью, в которую надо внести мутации, а вместо "outfile" — имя файла, в котором будет находится измененная последовательность. Вместо nподставьте число мутаций, которое Вы хотите внести. Сохраните файл как текст UNIX (воспользуйтесь <Shift+F2> в редакторе FAR'а). Перенесите скрипт на pvm (в директорию, где лежит файл с исходной последовательностью вашего гена)
3. Сделайте скрипт исполняемым, выполнив команду

     chmod +x имя_скрипта
   

4. Запустите скрипт (выполните команду "./имя_скрипта" )
5. Перенесите полученные мутантные последовательности в директорию <...>/Practice11 на диске H.
   
   Можно действовать и по-другому, например, набирать команды непосредственно в командной строке, но объем ручной работы и вероятность ошибиться при этом возрастет.