Создайте выравнивание последовательностей, соответствующих листьям
Вашего дерева (т.е. последовательностей, являющихся окончательным результатом
смоделированной Вами эволюции).
В задании 3
предыдущего практикума Вы сделали выравнивание всех последовательностей
(окончательных и промежуточных). Теперь просто отредактируйте файл с выравниванием,
убрав лишние последовательности. Проще всего это сделать, если Ваш файл имеет
формат Fasta; если нет, его можно перевести в формат Fasta программой seqret.
Реконструируйте по выравниванию дерево методом Neighbor-Joining.
При этом используйте эволюционные расстояния, вычисленные по
Джуксу – Кантору.
Сначала запустите программу ednadist, разумным образом отвечая на вопросы
(в частности, на вопрос "Transition/transversion ratio" разумно ответить "1.0",
поскольку в нашей эволюционной модели транзиции и трансверсии не различались).
Выходной файл программы ednadist подайте на вход программе eneighbor. На вопрос
последней "Neighbor-joining?" ответьте утвердительно.
Реконструируйте по выравниванию дерево методом максимального
правдоподобия.
Соответствующая программа — ednaml. На все вопросы (кроме вопроса о входном
файле, который в данном случае должен содержать выравнивание)
отвечайте по умолчанию.
Сравните три дерева: исходное (которое использовалось для моделирования эволюции)
и два реконструированных.
Заведите (в соответствующей директории) файл MS-Word с именем "treecompare.doc".
В нем сотворите таблицу следующего вида:
Ветвь
Исходное дерево
Neighbor- Joining
Максимальное правдоподобие
ABCDEF
110000
+
–
–
001100
+
+
–
...
...
...
...
Имеет смысл вносить в таблицу только внутренние ветви (поскольку внешние
— вида "001000" — одинаковы у всех деревьев с данным набором листьев)
и только те, которые встретились хотя бы в одном из трех деревьев. Кратко опишите свои выводы из сравнения деревьев:
насколько надёжна реконструкция хода эволюции
при такого уровня расстояниях между последовательностями?