Подсказки к занятию 2

  1. Программу Putty (если у кого ссылка на неё ещё не выставлена на Desktop) можно найти с помощью стандартных средств поиска Windows (Start → Search → All files and folders). Пароль и login для доступа на машину kodomo-count.cmm.msu.ru те же, что и для входа в ваш домен.
  2. Для начала работы с программой fiber запустите (в командной строке машины kodomo-count) команду fiber -h. Выберите параметры и опции, необходимые для построения ваших структур. Для ввода последовательности ДНК используйте клавиатуру.
  3. Удобно определить точные границы витка, если ваша структура расположена вертикально. Рекомендуем искать периодически повторяющиеся остатки сахара.
  4. Удобно запускать процесс анализа комплементарных пар, используя конвейер (pipe) — передачу выходных данных одного процесса на вход другому процессу. Конвейер в командной строке Linux'а выполняется с помощью символа ¦ (вертикальная черта; имеется на клавиатуре). С использованием конвейера нужная команда может быть записана в одну строчку:
    find_pair ХХХХ.pdb stdout | analyze
    где ХХХХ.pdb — файл с исследуемой структурой. Основные результаты анализа будут содержаться в файле XXXX.out. Данные из таблиц обработайте средствами Excel и Word. Надпишите таблицы. Удобно преобразовывать текстовые данные из буфера обмена в таблицы, используя пункт меню Excel "текст по столбцам".
  5. Запустите программу pdb2img с флагом -h. Выберите параметры и опции для построения блочного отображения оснований ДНК. Полученные посткрипт-файлы (*.ps) переведите в формат pdf с помощью утилиты Unix'a ps2pdf
    ps2pdf x.ps x.pdf
    Откройте результат в Adobe Reader'е и скопируйте изображение в файл analysis.doc. Для того, чтобы повернуть молекулу, воспользуйтесь утилитой rotate_mol
    rotate_mol -b xxxx.pdb хххх_rot.pdb

Литература

  1. DNA structure I by D.Marcey (A-, B-, Z-DNA )
  2. В.И.Иванов. А-ДНК. Соросовский образовательный журнал, 1998, №1.