- Программу Putty (если у кого ссылка на неё ещё не выставлена на Desktop)
можно найти с помощью стандартных средств поиска Windows (Start →
Search → All files and folders).
Пароль и login для доступа на машину kodomo-count.cmm.msu.ru
те же, что и для входа в ваш домен.
- Для начала работы с программой fiber запустите (в командной строке
машины kodomo-count) команду fiber -h.
Выберите параметры и опции, необходимые для построения ваших структур.
Для ввода последовательности ДНК используйте клавиатуру.
- Удобно определить точные границы витка, если ваша структура расположена
вертикально. Рекомендуем искать периодически повторяющиеся остатки сахара.
- Удобно запускать процесс анализа комплементарных пар, используя конвейер (pipe)
— передачу выходных данных одного процесса на вход другому процессу. Конвейер
в командной строке Linux'а выполняется с помощью символа ¦ (вертикальная черта;
имеется на клавиатуре).
С использованием конвейера нужная команда может быть записана в одну строчку:
find_pair ХХХХ.pdb stdout | analyze
где ХХХХ.pdb — файл с исследуемой структурой.
Основные результаты анализа будут содержаться в файле XXXX.out.
Данные из таблиц обработайте средствами Excel и Word. Надпишите таблицы.
Удобно преобразовывать текстовые данные из буфера обмена в таблицы,
используя пункт меню Excel "текст по столбцам".
- Запустите программу pdb2img с флагом -h.
Выберите параметры и опции для построения блочного отображения оснований ДНК.
Полученные посткрипт-файлы (*.ps) переведите в формат pdf с помощью утилиты
Unix'a ps2pdf
ps2pdf x.ps x.pdf
Откройте результат в Adobe Reader'е и скопируйте изображение в файл analysis.doc.
Для того, чтобы повернуть молекулу, воспользуйтесь утилитой rotate_mol
rotate_mol -b xxxx.pdb хххх_rot.pdb
Литература
-
DNA structure I by D.Marcey (A-, B-, Z-DNA )
-
В.И.Иванов. А-ДНК. Соросовский образовательный журнал, 1998, №1.