Подсказки к занятию 3

1. Последовательность можно найти в pdb-файле. Ход последовательности (там, где это необходимо) изображайте чёрными линиями, а комплементарность пар нуклеотидов — красными.
   

    

2. Подсоединитесь с помощью Putty к kodomo-count. На вход программе einverted подайте файл в формате FASTA.

   Рекомендуемые параметры для einverted:
   Gap penalty = 3
   Minimum score threshold = 5
   Match score = 3
   Mismatch score = -3

   Описание программы einverted можно прочитать, выполнив
   tfm einverted
   Список параметров получаем, выполнив einverted -help

    

3. Для запуска mfold используйте простую строчку:
   mfold SEQ=ХХХ.seq P=N
   где N — допустимое колебание свободной энергии шпильки (в процентах).

Дополнительная информация

1. RNA structure by Michael Gribskov
2. Описание программы mfold