Материалы к практикуму 6

  1. Воспользуйтесь SRS (http://srs.ebi.ac.uk/). Перейдите на "Library page", пойдите по ссылке "EMBL (Release)".

    Перейдя по ссылке Division в таблице полей, вы попадаете на индексную страницу этого поля. Нажав "List values", можно получить требуемую информацию о разделах.

    Узнать смысл сокращенного названия раздела можно в описании банка EMBL: http://www.ebi.ac.uk/embl/ → user manual → Database divisions (описание несколько устарело, но названия таксономических разделов там верные).
     

  2. Зайдите на kodomo-count, перейдите в поддиректорию Practice6 и получите файл с записью SwissProt, выполнив 
    entret sw:X00000 -auto
    где X00000 — AC или ID вашего белка. В записи SwissProt найдите поле DR, в нем среди прочего содержится информация о соответствующих записях EMBL (AC записи — непосредственно после названия банка). Чтобы получить файл с записью EMBL, выполните 
    entret embl:A0000000 -auto
    (где A0000000 — опять-таки или AC, или ID). Получение записи EMBL может занять несколько секунд. Ищите информацию о своем белке в поле FT, ключ CDS (если запись большая, имеет смысл запустить автоматический поиск по AC белка).
     
  3. Чтобы извлечь из файла X.entret какой-либо участок последовательности, надо выполнить команду 
    seqret X.entret -sask
    Благодаря опции -sask Вам будут заданы три вопроса: с какого нуклеотида начинать, на каком заканчивать и нужно ли заменять последовательность комплементарной. Ответьте на вопросы правильно, сверяясь с таблицей из предыдущего упражнения. Четвертым будет задан вопрос об имени выходного файла; рекомендуется назвать файлы XXX_gene1.fasta и XXX_gene2.fasta, где XXX — краткое название вашего белка.

    Чтобы сравнить последовательности, воспользуйтесь программой needle: 

    needle gene1.fasta gene2.fasta gene1-gene2.needle -auto
    (подставьте нужные имена файлов). Если в получившемся файле Identity сильно отличается от 100%, значит Вы что-то сделали неправильно.

    Определить, синонимична ли замена, можно, например, сверяясь с генетическим кодом.