Занятие 8. Программы поиска Fasta и Megablast

1. Программой fasta34 поищите гомологов гена своего белка (см. занятие 6, задание 3) в одном из геномов, лежащих в директории /home/export/samba/public/tmp на kodomo-count. Рекомендуется искать в том геноме, в котором по результатам TBLASTN (занятие 7, задание 3) имеется лучший гомолог вашего белка. В отчете отметьте E-value лучшей находки; если лучшая находка достоверна (E-value < 0,01), укажите, как результат поиска согласуется с результатами TBLASTN (тот ли самый ген нашелся, границы выравнивания и пр.).
2. Возьмите произвольный фрагмент одного из трех геномов длиной 100–120 оснований. Убедитесь, что Megablast находит этот фрагмент в BLAST-банке из трех геномов, созданном Вами на прошлом занятии. Измените в последовательности по возможности наименьшее число букв так, чтобы при задании измененной последовательности в качестве пробы Megablast (при параметрах по умолчанию) уже не находил в геномах исходной последовательности. Приведите в отчете исходную и измененную последовательности; измененные основания выделите (цветом или заглавными буквами).
3. * Сколько гомологов глициновых тРНК E.coli находит discontigous Megablast в трех геномах?