В работе Kyte, Doolittle, 1982, был предложен метод предсказания особенностей структуры белка, позволяющий найти в последовательности фрагменты, соответствующие трансмембранным спиралям или поверхности белка.
Суть метода в следующем. Каждому аминокислотному остатку приписывают некое число, показатель гидрофобности его боковой группы, см. шкалы гидрофобности. Затем выбирают размер скользящего окна. По умолчанию, его размер обычно - 9 а.о. Программа просматривает всю а.к.последовательность и для каждого окна вычисляет среднее значение гидрофобности. Затем строится график, по оси абцисс - позиция в последовательности, по оси ординат - средняя гидрофобность для окна с центром в данной позиции.
При предсказании трансмембранных сегментов оптимальным считают размер окна - 19 а.о.
(При определении сегментов, соответствующих белковой поверхности, лучшие результаты получаются с окном в 9 а.о. , рассматривают области ниже срединной линии на графике)
Рассмотрите пики со средним значением гидропатичности более 1.8. Каждый такой пик соответствует центру сегмента а.к. последовательности с длиной, равной размеру выбранного окна. Если соседние сегменты перекрываются, то они могут быть описаны как один трансмембранный сегмент, но имейте в виду, что мембрана имеет конечную толщину (в среднем около 30 Å ), что соответствует спиралям примерно из 20 остатков.
Вариант 1. Ниже изучаемой последовательности создайте искусственную
последовательность такой же длины для описания предсказанной топологии.
Для этого используйте опцию ввода последовательностей как текста с клавиатуры.
Создайте последовательность из несколько символов "-" с нужным Вам названием
("Manual", "TMHMM"....). После чего переходите в режим
редактуры остатков (Edit Residue Mode) и отметьте позиции мембранных сегментов
буквой "Н", позиции цитоплазматических петель знаком "+",
остальные — знаком "-".
Вариант 2. Раскрасьте последовательность вручную (Manual shade mode). Может получиться очень красиво, но помните, что программа плохо сохраняет такую раскраску, поэтому надо часто копировать выравнивание в файлы *.htm * или *.rtf. Кроме того, в отчете следует пояснить, что как раскрашено.
Следите за номером позиции по размечаемой последовательности (на нижней панели справа)!!!
При разметке исследуемой последовательности по ОРМ помните, что индексы в ОРМ соответствуют белку-прототипу, а не исследуемому!!