Занятие 5. Классификация функций. Ферменты.

Коды ферментов для упражнений можно найти здесь.

  1. Объясните, что значит заданный Вам код фермента

    2. На главной странице сайта IUPAC (lNTERNATIONAL UNION OF PURE AND APPLIED CHEMISTRY) выберите раздел, посвященный химической номенклатуре.
    В этом разделе щелкните по гиперссылке на страницу совместной комиссии IUBMB-IUPAC по биохимической номенклатуре. На открывшейся странице найдите ссылку на номенклатуру ферментов. Описание каждого класса ферментов содержит "Введение", где можно найти почти все, что Вам нужно.

    В отчете приведите заданный код и расшифровку каждого его пункта

    Дополнительные вопросы на бонусный балл.

    1.1. Когда был организован IUPAC? (со ссылкой на соответствующую страницу IUPAC)
    1.2. Когда была организована международная комиссия по номенклатуре ферментов?(со ссылкой на соответствующую страницу IUBMB)
    1.3. Когда были утверждены последние изменения/уточнения в номенклатуре ферментов? (со ссылкой на соответствующую страницу IUBMB)

  2. Используйте средства специализированного ресурса Brenda для характеристики заданного Вам фермента

    3. Все упражнение выполняйте используя опцию "Quick search" , т.е. стартуя с главной странички.

    Проведите поиск заданного Вам кода по номенклатуре. Нужно получить 1 строчку, в которой можно найти ссылки на схему ферментативной реакции, перечень всех последовательностей и полное описание. Скопируйте рисунок со схемой ферментативной реакции для отчета и запишите общее число ферментов с таким кодом.

    Определите, какие бывают ингибиторы и активаторы у ферментов с данным кодом. Рисунки с самыми "красивыми" сохраните для отчета.

    Определите оптимум рН .

    Дополнительные вопросы на бонусные баллы.

    2.1. Опишите болезни человека, так или иначе связанные с данным ферментом.
    2.2. Опишите субъединичную структуру, характерную для данного типа ферментов.
    2.3. Опишите пострансляционные модификации, характерные для данного типа ферментов.

  3. Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

    4. Нужно сравнить общую доменную структуру и сходство последовательностей гомологичных доменов из 3-х ферментов с одним кодом.

    По заданному Вам коду с помощью SRS найдите вSWISS-Prot ферменты из 3-х хорошо изученных модельных организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.
    Подсказка. Для упрощения запроса воспользуйтесь тем, что для белков из этих организмов приняты короткие имена, оканчивающиеся на "_Ecoli", "_Human", "_Metja". Это позволит легко отфильтровать разные штаммы Ecoli

    Для сравнения доменной структуры найденных белков используйте вариант просмотра результата SW_InterProMatches, который позволяет быстро посмотреть на все мотивы в последовательностях.
    Будем сравнивать только домены Pfam! Результаты сравнения опишите в протоколе, обязательно укажите идентификатор и положение доменов в последовательности.

    Используя программы seqret и extractseq пакета EMBOSS получите аминокислотные последовательности доменов. Определите попарную идентичность, используя известные Вам методы. Все команды и скрипты, а также выравнивания приведите в отчете.

  4. * Дополнительный вопрос. Что можно найти в ENZYME?