Зачетное задание 1

В директории H:/Term1/CreditsWorks создайте поддиректорию Credit1.
Преподаватели предполагают увидеть в этой директории 2 файла

1) report1.txt, см. описание формата;
2) my_protein.xls (где my_protein—название Вашего белка), см. описание формата .

Подсказка: файл my_protein.xls проще всего создать путем копирования с переименованием последнего Вашего файла AA.xls. После окончания работы над отчетом удалите из книги .xls все, что не требуется для отчета. 		 
     

 

Упражнение 1. Вычисление молекулярной массы белка по его аминокислотному составу

Откройте рабочую книгу, добавьте новый лист и назовите его MW (от английского "molecular weight").
Скопируйте на него таблицу с названиями и молекулярными массами аминокислот. Оставьте только однобуквенные обозначения и массы, отсортируйте таблицу по алфавиту. Рядом разместите копию таблицы с аминокислотным составом Вашего белка (внимание: возможно Вам потребуется "специальная вставка"!). Если в ней другой порядок аминокислот, отсортируйте и эту таблицу.
Соедините таблицы в одну, оставив только однобуквенные обозначения и необходимые Вам данные. Используя формулы и их копирование, вычислите молекулярную массу белка.
Кратко опишите в отчете алгоритм вычисления молекулярной массы и результат.

Помните, что молекула белка - это не куча отдельных аминокислот!

Упражнение 2. Вычисление относительного содержания гидрофобных аминокислотных остатков в белке <my_protein>

К таблице на листе HPhob добавьте столбец с данными по аминокислотному составу Вашего белка.
По алгоритму упражнения 2 занятия 4 вычислите отношение содержания гидрофобных к содержанию гидрофильных аминокислотных остатков для Вашего белка.
Сравните результат с соответствующими оценками для всего протеома кишечной палочки и для мембранных белков, результаты сравнения опишите в отчете.

Будьте внимательны при сортировке!

Упражнение 3. Средний электрический заряд белка <my_protein> при разных значениях рН

Импортируйте содержимое файла pКа_рН.txt на лист "pКа_рН" Вашей рабочей книги. При импорте используйте в качестве разделителя только знак табуляции.
Рассмотрите таблицу, в которой для семи аминокислот приведены значения отношения концентрации депротонированной формы ионизируемой группы боковой цепи к концентрации протонированной (Х / ХН) при разных рН.
Справа создайте аналогичную таблицу, в ячейках которой укажите средний заряд каждой боковой группы в 3-х указанных условиях..
Полагая, что средний суммарный заряд молекулы белка равен сумме средних зарядов входящих в него аминокислот, вычислите средний заряд Вашего белка при рН=1,0 (желудочный сок), рН=7,0 (секрет слюнных желез) и рН=8,0 (панкреатический сок).

Подсказки:

  1. Вы можете использовать формулы и подсказки к занятию №4;
  2. при вычислении среднего заряда на молекуле мы вычисляем отношение концентрации заряженной формы к общей концентрации заряженной и незаряженной форм;
  3. значения среднего заряда удобно округлить до 2-х знаков после запятой;
  4. при копировании аминокислотного состава не забудьте, что существует специальная вставка.