Материалы к занятию 2

Внимание: многие файлы, созданные на этом занятии, понадобятся на следующем! Названия их выделены синим цветом!
 
     

  1. Организация рабочей области

    Запустить FAR manager. На диске H создать каталог Term1 (первый семестр), в нём два подкаталога: PractiсеWorks - для занятий; CreditWorks - для зачетных заданий. В каталоге PractiсеWorks создать подкаталог Practicе2 для хранения файлов 2-го занятия.

  2. Создание протокола занятия

    Создайте в каталоге Practicе2 файл Protocol.txt для записи результатов заданий. В нем напишите заголовок: "Протокол занятия 2". Ниже укажите дату создания протокола, полный и относительный путь к этому файлу. С новой строки напишите краткое название Вашего белка, имя его гена и номер локуса. Сохраните файл.


  3. Найти и сохранить описание Вашего белка и его гена

    Из архива ecoli.zip (диск P) скопировать файл ecoli.embl в свой каталог Practicе2. В файле ecoli.embl найти информацию о вашем гене и скопировать её в протокол.

    Подсказка №1: в большинстве случаев удобнее вести поиск по номеру локуса;
    Подсказка №2: информация о гене (название гена, название белка, последовательность белка) заключена между 2-мя строками, начинающимися с "FT CDS"; для поиска своего гена воспользуйтесь клавишей <F7>, для копирования информации в другой файл - выделением блока (см. подсказку по редактору FAR'а) и буфером (<Ctrl+C>, <Ctrl+V>).


  4. Создать файл с аминокислотной последовательностью в формате Fasta

    Скопировать файл Protocol.txt в новый файл с именем name.fasta, где name - название вашего белка. Отредактировать этот файл так, чтобы в нем содержалась только информация об аминокислотной последовательности в формате Fasta (первая строка:
    >name description , далее с новой строки - последовательность, в одну или несколько строк, без пустых строк. (Образец - в файле Protein.fasta на диске P). Сохранить файл.


  5. Сравнить тексты, написанные в разных кодировках

    В протоколе написать "Разные кодировки кириллицы". Написать фразу "Атака заката" в трех различных кодировках русского языка. (каждый раз с новой строки). Определить hex-коды пробела, буквы "т", конца строки в каждой из кодировок. Результаты описать в протоколе.


  6. Сравнить свойства файлов

    Найти не менее 2-х различий между файлами а1.txt и а2.txt на диске P:\y05\Practice2 (разные имена не в счет!). Результаты сравнения описать в следующем пункте Вашего протокола.


  7. Набрать таблицу названий и обозначений аминокислот

    Набрать таблицу названий и обозначений аминокислот в виде 4-х столбцов: однобуквенное обозначение; трехбуквенное обозначение; русское
    (в Win-кодировке) название; английское название. Аминокислоты расположить в алфавитном порядке однобуквенных обозначений. Для этого используйте команды редактора FAR Manager для работы с блоками. Сохранить таблицу в файле aanames.txt.