Материалы к занятию 10

Указания и подсказки

• Чтобы распаковать содержимое файла с расширением zip (а также gz, rar и другие), наведите в Far manager на имя файла курсор, нажмите <Enter>, а затем обычным образом скопируйте файл из открывшейся панели с содержимым архива в свою директорию.

• Рекомендуем вывести на свой рабочий стол (Desktop) иконку программы RasMol. Для этого:

  • Найдите в своём компьютере исполняемый файл raswin.exe: Start => Search => Files and Folders => в окне "file name" пишете слово "raswin" и нажимаете Search.

  • Через какое-то время в основном окне появляется ряд находок, Вам нужна та, что помечена "Application".

  • Создайте иконку: щёлкните по имени исполняемого файла правой кнопкой мыши и в выпавшем меню выберите "Create Shortcut" (на вопрос, создать ли иконку на рабочем столе, ответьте утвердительно).

• Удобно расположить графическое и командное окна так, чтобы содержимое (или хотя бы значительная часть содержимого) обоих было видно одновременно.

• Чтобы набирать команду в командном окне, необходимо сделать его активным (щёлкнув мышью по нему или по его «изображению» на панели задач). Набранная команда выполняется после нажатия клавиши <Enter>.

• Для заполнения шаблона используйте следующие поля документа PDB:

  • HEADER содержит заголовок структуры

  • TITLE содержит название структуры (если оно занимает несколько строк, то строки, начиная со второй, помечены числами 2, 3, ...)

  • COMPND содержит информацию о цепях макромолекул (белков и нуклеиновых кислот): после слова CHAIN следует перечисление идентификаторов цепей.

  • SEQRES содержит последовательности каждой из цепей (а также в явном виде число остатков).

  • HET, HETNAM, FORMUL содержат информацию о низкомолекулярных веществах (лигандах, ионах и молекулах воды), а также о нестандартных остатках цепей. В поле HET последовательно перечислены: ID молекулы, идентификатор цепи, к которой (условно) приписана молекула, (условный) номер в этой цепи, число атомов в молекуле. В полях HETNAM и FORMUL для каждого типа имеющихся молекул приведена "расшифровка" их ID в виде, соответственно, названия и химической формулы.

• Названия (всей структуры и отдельных молекул) приведите по-английски (скопируйте из PDB-файла), кроме того, желательно привести также их русские эквиваленты, если Вы можете их перевести.

• Перед экспортом картинки в виде GIF-файла рекомендуется сделать фон белым:
  background white