О программе Putty читайте в Википедии.

Основные команды UNIX (и Linux)

pwd сообщает полное имя текущей директории
ls показывает содержимое текущей директории
cp <имя файла 1> <имя файла 2> копирует файл 1 в файл 2
mv <имя файла 1> <имя файла 2> переименовывает файл
mv <имя файла> <имя поддиректории>   перемещает файл в поддиректорию
rm <имя файла> уничтожает файл
mkdir <имя поддиректории> создает поддиректорию
cd <имя поддиректории> переход в поддиректорию
cd .. выход из поддиректории (переход в родительскую директорию)
more <имя файла> просмотр содержимого файла (клавишами "пробел" и "Enter")
man <команда> выдает подробную информацию о команде
<Ctrl+C> экстренное прерывание выполняемой программы

Online-учебники по UNIX


Некоторые программы пакета EMBOSS

seqret принимает на вход последовательность и кладёт её в файл (по умолчанию — в fasta-формате)
  Примеры:
seqret sw:p41407 p41407.fasta
в файле "p41407.fasta" окажется последовательность белка или белков, имеющих в Swiss-Prot номер доступа P41407.
seqret sw:p41407 -auto
то же, но программа сама придумает имя для файла
 
entret извлекает из банка заданную запись и полностью помещает её в файл
  Пример:
entret sw:p41407 p41407.sw
в файле "p41407.sw" окажется полная запись банка Swiss-Prot, имеющая код доступа P41407 (несколько полных записей, разделённых "//", если этот код соответствует нескольким записям).
 
needle Полное парное выравнивание (алгоритм Нидельмана – Вунша)
water Частичное парное выравнивание (алгоритм Смита – Уотерманна)
matcher Частичное парное выравнивание с возможностью выдачи нескольких вариантов
 Пример:
needle sw:p41407 sw:p43013 p41407-p43013.needle -auto
в файле "p41407-p43013.needle" окажется полное выравнивание последовательностей белков из соответствующих записей Swiss-Prot.
 Если опустить "-auto", программа спросит о параметрах для штрафов за гэпы. Вместо ссылок на банки можно ставить имена файлов.
 
wossname    справка по командам EMBOSS
 Примеры:
wossname alignment
на экран будет выдан список программ EMBOSS, в описаниях которых встретилось слово "alignment".
wossname -auto | more
на экран будет выдаваться список всех программ EMBOSS, который можно листать нажатием клавиши "пробел".
 
tfm подробное описание программы из пакета EMBOSS
 Пример:
tfm needle

Чтобы получить справку о параметрах программы, выполните её с опцией -help, например:
needle -help