Занятие 12. Семейства доменов
Упражнение 1. Используя ресурсы БД Pfam опишите доменную организацию заданного белка.
Внимание! Рассматриваем домены только из PfamA.
Шаблон отчета
Доменная организация белка xxxx_Ecoli
- Картинка со схематическим изображением доменной структуры xxxx_Ecoli
- Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре xxxx_Ecoli, см. подсказки;
- Табличка с названием "Домены в последовательности xxxx_Ecoli
|
Идентификатор Pfam
|
Название записи
|
Полное название домена
|
Положение в последовательности хххх_Ecoli
|
|
PF00218
|
IGPS
|
Индол-3-глицерофосфатсинтетаза
|
4-252
|
|
|
|
|
|
Описание N-концевого домена белка xxxx_Ecoli
- Краткая характеристика домена PFxxx(перескажите своими словами, но близко к тексту)
- Табличка с названием "Организмы, в которых найдены белки с доменами PFxxx "
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PFxxx
|
| Эукариоты |
Растения |
|
| Грибы |
|
| Животные |
|
| Бактерии |
|
|
| Археи |
|
|
- Краткие ответы на следующие вопросы:
- сколько всего известно белков с доменами PFxxx?
- что бывает чаще: домен PFxxx — единственный домен в белке, или же этот домен обычно встречается в белках в сочетании с другими доменами?
- известны ли случаи дупликации домена PFxxx?
- известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PFxxx?
Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности xxxx_Ecoli по данным БД InterPro
Структурные мотивы не рассматриваем!!
Шаблон отчета
- Картинка с изображением всех подписей в Вашем белке, см. подсказки.
- Табличка "Мотивы в белке xxxx_Ecoli по данным БД InterPro"
|
Название подписи
|
Положение в последовательности Хххх_Ecoli
|
Полное название базы данных
|
* Название
организации, поддерживающей данную БД.
|
* Город
и страна
|
|
NUCLEAR_REC_DBD_1
|
25-105
|
PROSITE
|
Swiss Institute of Bioinformatics
|
Швейцария, Женева
|
| |
|
|
|
|
Подсказки
К упр.1, п.1. На главной страничке нажмите кнопку "Search" в главном меню вверху, затем слева в поле "Jump to..." введите идентификатор
последовательности
К упр.1, п2. На страничке с описанием конкретного домена в правом фрейме выберите идентификатор заданного Вам файла PDB и нажмите кнопку .
Щелкните по картинке, она может быть увеличена. Обратите внимание на то, как отмечены домены! Укажите способ раскраски в подписи к картинке.
Для того, чтобы определить, в каких организмах встречается данный домен, нажмите кнопку "Species", но ограничьтесь
таксонами второго уровня
К упр.2. На главной страничке вверху есть окошко"Search InterPro:", в него надо ввести идентификатор белка.
Картинку, на которой будут отмечены все мотивы сразу, можно собрать с помощью Paint.
|