Задание на контрольную

Создайте директорию для отчета H:\Term2\blasttest . Скопируйте в эту директорию файл P:\y07\Term2\BLASTtest.doc и переименуйте его в XXX.doc, где XXX — ваш логин. Данный файл должен содержать результаты вашей работы на этом занятии. В начало документа вставьте заголовок: контрольная работа <студента такого-то> и дату.

Преподаватели выдадут каждому студенту код доступа записи банка Swiss-Prot. Далее будем называть белок, описанный в этой записи, "Query".

  1. Описание белка Query

    2. Заполните таблицу 1 из файла отчета.

  2. Поиск потенциальных гомологов с помощью программы BLASTP

    3. Для аминокислотной последовательности белка Query проведите поиск потенциальных гомологов с помощью программы BLASTP в банке данных Swiss-Prot. Остальные параметры поиска примите по умолчанию.

    В таблице 2 из файла отчета приведено 2 диапазона значений процента совпадений (Identities). Для каждого диапазона найдите потенциальный гомолог со значением процента совпадений выравнивания, выданного программой BLAST, из данного диапазона. Если таковых несколько, берите тот гомолог, который имеет наилучшее значение E-value. Заполните соответствующую часть таблицы 2 (помеченную как "BLAST"). Если для данной находки выдано несколько выравниваний, то в строках A_Ident, A_Pos и т.д. описывайте лучшее из них.

  3. Построение полных выравниваний

    4. Постройте полные выравнивания последовательности белка Query с последовательностями каждого из потенциальных гомологов, внесенных в таблицу 2. Используйте следующие параметры: штраф за открытие гэпа — 11, штраф за удлинение гэпа — 1.

    Заполните остальную часть таблицы 2 (помеченную как "Global Align"). Файлы с выравниваниями оставьте в директории blasttest.

  4. Сравнение выравниваний

    5. Для потенциального гомолога из диапазона идентичности 40–50% сравните полное и частичное (выданное программой BLAST) выравнивание. Опишите (в том же документе, в котором вы заполняли таблицы) различия между выравниваниями.