Контрольная по блоку 3

Заведите в директории H:\Term_1\Credits поддиректорию Cr_3 — она будет вашей рабочей директорией. К концу занятия в ней должны оказаться файлы, содержащие результаты выполнения работы. Заведите файл отчёта report.doc, в который вносите ответы на вопросы.

Задания

  1. Скопируйте в свою рабочую директорию из директории P:\y08\Term_1\Cr_3 указанный вам файл. Откройте его редактором и внесите в отчёт следующую информацию:
    1. название белка;
    2. сколько цепей белка представлено и какими буквами они обозначены;
    3. какие лиганды представлены в структуре.
  2. Откройте файл программой RasMol. Оставьте в графическом окне изображение одной (любой, если их несколько) молекулы органического лиганда. Внесите в отчёт команды, которые для этого понадобились.
  3. Составьте скрипт, в котором определяется множество всех атомов белка, образующих водородную связь с атомами выбранной молекулы лиганда. Укажите в отчете имя файла со скриптом и как названо множество.
  4. Составьте скрипт, в котором определяется множество всех атомов белка, гидрофобно взаимодействующих с атомами выбранной молекулы лиганда. Укажите в отчете имя файла со скриптом и как названо множество.
  5. Приведите в отчёте списки остатков:
    1. чьи атомы образуют водородную связь с выбранной молекулой лиганда;
    2. чьи атомы гидрофобно взаимодействуют с выбранной молекулой лиганда;
    а также краткое описание процедуры получения обоих списков.
  6. Создайте графический файл в формате GIF, демонстрирующий в шарнирной модели взаимное расположение одной молекулы лиганда и одного (любого) остатка белка, чей атом (атомы) взаимодействует с лигандом. В остатке Cα-атом должен быть подписан типом и номером остатка (например, "Arg47:A"), один из взаимодействующих с лигандом атомов — своим именем (например, "NH1"). В отчёт внесите: имя созданного графического файла, какой атом взаимодействует, тип взаимодействия (водородная связь или гидрофобное взаимодействие).