Запустив Putty, в окошке "Host name" пишете "kodomo-count.fbb.msu.ru", в переключателе Protocol ставите точку против "SSH" и нажимаете "Open". Машина попросит ввести login и пароль — они такие же, как в компьютерном классе.
Перед вами возникнет приглашение ввести команду машины kodomo-count. При этом активной диреторией будет ваша домашняя директория, которая из-под Windows в компьютерном классе видна как сетевой диск H. Чтобы попасть в поддиректорию, наберите команду cd и затем после пробела имя поддиректории, например:
cd Term1Чтобы команда исполнилась, надо нажать клавишу Enter. Попав в нужную директорию, можно выполнять команду get_pdb. Впрочем, можно и не менять директорию, а выполнить get_pdb в своей домашней директории, а потом уже средствами Windows перенести полученный файл в нужную директорию (но вот оставлять файл в корне диска H не следует — это небрежность, и подобное при работе на компьютере рано или поздно приводит к печальным последствиям).
background white
HEADER содержит заголовок структуры
TITLE содержит название структуры (если оно занимает несколько строк, то строки, начиная со второй, помечены числами 2, 3, ...)
COMPND содержит информацию о цепях макромолекул (белков и нуклеиновых кислот): после слова CHAIN следует перечисление идентификаторов цепей.
SEQRES содержит последовательности каждой из цепей (а также в явном виде число остатков).
HET, HETNAM, FORMUL содержат информацию о низкомолекулярных веществах (лигандах, ионах и молекулах воды), а также о нестандартных остатках цепей. В поле HET последовательно перечислены: ID молекулы, идентификатор цепи, к которой (условно) приписана молекула, (условный) номер в этой цепи, число атомов в молекуле. В полях HETNAM и FORMUL для каждого типа имеющихся молекул приведена "расшифровка" их ID в виде, соответственно, названия и химической формулы.