Указания к занятию 10Как запустить PSI-BLASTЗайти на сайт http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/, последовать по ссылке "protein blast", далее в верхнее окошко скопировать последовательность или AC, в разделе "Database" выбрать Swissprot, а в разделе "Algorithm" выбрать "PSI-BLAST" и нажать "BLAST".Как посчитать число находок выше порогаСкопируйте список находок во временный файл, открытый в редакторе Far manager. Если поставить курсор на последнюю строку, в правом верхнем углу окна можно увидеть номер этой строки (равный числу находок, если в окне с результатами BLAST было аккуратно выделены нужные находки).Как запустить очередную итерациюНа страничке с результатами в нескольких местах есть кнопка "Go" с соответствующим объяснением.Прежде чем запускать следующую итерацию, подумайте, всю ли информацию о результате предыдущей Вы записали: например, рекомендуется следить за значениями E-value рядом с порогом, а также для пары-тройки конкретных последовательностей. Как догадаться, что процесс "сошёлся" и дальнейшие итерации ничего нового не дадут?
Как изменить порог на включение находок в профиль?На странице запроса щёлкните по "Algorithm parameters". В самом низу открывшейся страницы будет окошко "PSI-BLAST Threshold". |