Занятие 1. Банк UniProt

Дополнительные задания

1. Из списка записей UniProt, содержащих информацию о тех белках, чье описание близко описанию вашего белка (см. обязательное задание 4) выберите те, для которых известна третичная структура. Каково их число?
   (указание: как это сделать, подробно описывается в ролике-демонстрации ("Site tour") на сайте UniProt)
2. (это задание не оценивается, но тем не менее рекомендуется его выполнить). Выведите на свой Desktop иконку программы Putty (если уже не сделали это в предыдущем семестре). Соединитесь с сервером kodomo-count.fbb.msu.ru (login и пароль — те же, что в компьютерном классе). В командной строке на сервере выполните команды:

    entret sw:P00000 -auto
   

   и

    wget http://www.uniprot.org/uniprot/P00000.txt        	
   

   (вместо "P00000" оба раза надо подставить первый AC какой-нибудь записи SwissProt). Убедитесь, что на вашем диске H появились новые файлы. Просмотрите их — они должны содержать полный текст соответствующей записи.

   Пояснение: программа entret входит в пакет биоинформатических программ EMBOSS, установленный на сервере kodomo-count. Эта программа позволяет добывать записи из местных копий банков (в данном случае SwissProt), без выхода в Интернет. Напротив, программа wget не имеет прямого отношения к биоинформатике; это универсальное средство добычи любых web-ресурсов. Бывают ситуации, когда пользоваться wget удобнее, чем браузерами. Эта программа установлена почти на любом компьютере под ОС Linux. Существуют и Windows-версии программы (см., например http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/wget.htm).