Молчащие мутации, как правило, безвредны.
Замена остатка на близкий тоже часто безвредна, но может быть и слабовредной или даже летальной – всё зависит от функции белка и роли данного остатка в этой функции.
Замена остатка на сильно отличающийся, как правило вредна в той или иной степени.
Степень вредности обычно измеряется «коэффициентом отбора», равным отношению среднего числа потомков, которое оставляет носитель данной мутации (в естественных условиях, разумеется), к такому же среднему для обладателя «старой» версии белка. Летальная мутация имеет коэффициент отбора, равный 0, нейтральная мутация — 1, слабовредная — например, 0,99 . Даже слабовредная мутация практически не имеет шансов закрепиться в популяции, хотя некоторое время может существовать в ней как вариант.
Исключительно редко случаются полезные мутации, имеющие коэффициент отбора, больший 1.