Подсказки к занятие 11

     

  1. Работа с RasMol.
  2. Рекомендуем вывести на свой рабочий стол (Desktop) иконку программы RasMol. Для этого
    • найдите в своём компьютере исполняемый файл raswin.exe: Start => Search => Files and Folders => в окне "file name" пишете слово "raswin" и нажмите Search; через какое-то время в основном окне появляется ряд находок, вам нужна та, что помечена "Application";
    • создайте иконку: щёлкните по имени исполняемого файла правой кнопкой мыши и в выпавшем меню выберите "Create Shortcut" (на вопрос, создать ли иконку на рабочем столе, ответьте утвердительно).

    Удобно расположить графическое и командное окна так, чтобы содержимое (или хотя бы значительная часть содержимого) обоих было видно одновременно.
    Чтобы набирать команду в командном окне, необходимо сделать его активным (щёлкнув мышью по нему или по его "изображению" на панели задач ). Набранная команда выполняется после нажатия клавиши <Enter>.

  3. Описание документа PDB, компоненты структуры.
  4. Для заполнения шаблона используйте следующие поля документа PDB:

    HEADER содержит заголовок структуры

    TITLE содержит название структуры (если оно занимает несколько строк, то строки, начиная со второй, помечены числами 2, 3, ...)

    COMPND содержит информацию о цепях макромолекул (белков и нуклеиновых кислот): после слова CHAIN следует перечисление идентификаторов цепей.

    SEQRES содержит последовательности каждой из цепей (а также в явном виде число остатков).

    HET, HETNAM, FORMUL содержат информацию о низкомолекулярных веществах (лигандах, ионах и молекулах воды), а также о нестандартных остатках цепей. В поле HET последовательно перечислены: ID молекулы, идентификатор цепи, к которой (условно) приписана молекула, (условный) номер в этой цепи, число атомов в молекуле. В полях HETNAM и FORMUL для каждого типа имеющихся молекул приведена "расшифровка" их ID в виде, соответственно, названия и химической формулы. Названия (всей структуры и отдельных молекул) приведите по-английски (скопируйте из PDB-файла), кроме того, желательно привести также их русские эквиваленты, если Вы можете их перевести.

  5. Создание скрипта.
  6. Скрипт (синоним - сценарий) - это текстовый файл, который программа понимает как набор последовательных команд. Для создания скриптов надо использовать редактор FAR Manager. В файле proba.spt наберите следующие команды.

    restrict none
    pause
    select all
    wireframe
    pause
    select protein
    wireframe off
    pause
    backbone
    echo Enjoy the picture!

    Откройте вашу структуру в RasMol и запустите скрипт (см. презентацию). Шаг за шагом проследите, что делает скрипт.

    Комментарии

    Команда restrict none удаляет всякое изображение из графического окна.
    Команда select all делает выделенным множеством всю структуру - дальнейшие команды визуализации будут применяться ко всей структуре.
    Команда wireframe выводит в графическое окно изображение выделенного множества (в данном случае - всей структуры) в проволочной модели.
    Команда pause приводит к приостановке работы сценария: программа ждёт нажатия клавиши <Enter>.
    Команда select protein делает выделенным множеством весь белок - дальнейшие команды визуализации будут применяться к белку, но не к ДНК, воде или лигандам.
    Команда wireframe off удаляет из графического окна изображение выделенного множества (в данном случае - белка) в проволочной модели.
    Команда backbone выводит изображение выделенного множества в остовной модели.
    Наконец, команда echo выводит в командное окно текст, который следует за ней (в данном случае это призыв "Enjoy the picture!"

    Как включить и выключить изображение в шариковой, остовной и ленточной моделях см. в презентации.

    При создании основного скрипта сначала выполняйте команды непосредственно из командного окна; убедившись, что они дают нужный эффект, строчка за строчкой заносите их в скрипт.
    Постоянно следите за тем, какое именно множество является выделенным в данный момент!

  7. Некоторые советы для получения нужного изображения.
  8. Подписать название и номер остатка (например, аргинина номер 57 из цепи B) можно последовательностью команд:
    select Arg57:B.CA
    label %n%r
    (в данном случае подпись будет расположена возле изображения Сα-атома).
    Как создавать подписи иного вида, смотрите в RasMol Help (в меню графического окна выберите Help =>User manual => Command Reference =>label или Справка=>Руководство пользователя => Command Reference =>label).

    Перед экспортом картинки в виде GIF-файла рекомендуется сделать фон белым.