Занятие 10: ACD ChemSketch
В настоящем задании Вам необходимо нарисовать несколько формул, пользуясь графическим редактором ACD ChemSketch.
Создайте директорию H:\Term1\Block3\Practices\Practice10. Все создаваемые на занятии файлы сохраняйте в этой директории (Формат отчета).
Для получения минимального зачетного балла достаточно выполнить упражнения №№ 1, 2 и 4.
При выполнении заданий рекомендуется воспользоваться подсказками.
Упражнение 1. Аминокислота Х белка XXXX_Bacsu
Откройте в программе ACD ChemSketch новую страницу.
Нарисуйте на ней структурные формулы для третьей аминокислоты Вашего белка: плоскую формулу аминокислоты, а также формулы для L- и D-изомеров этой кислоты, ниже приведен образец.
Сохраните все 3 изображения как одну картинку в файле *.gif.
Будьте внимательны! Вместо слова <аминокислота> должно стоять название аминокислоты.
Упражнение 2. Пространственная структура L- и D-форм аминокислоты Х
Для L-формы Вашей аминокислоты проведите 3D-оптимизацию и откройте L-форму в 3D Viewer. В 3D Viewer выберите шарнирную модель аминокислоты и сохраните изображение в формату GIF. То же выполните для D-формы. Постарайтесь, чтобы рисунки наглядно демонстрировали различие между изомерами.
Ниже приведен образец шарнирной структуры, где атомы водорода показаны белым, атомы углерода - голубым, атомы азота - синим, атомы кислорода - красным, а боковая группа R - желтым (у Вас вместо нее будет структура для боковой группы).
В отчете укажите, какие атомы или группы выходят из плоскости, образованной атомами N-Cα-C у каждого из изомеров, и в чем состоит различие между изомерами.
Упражнение 3. Химическая реакция образования дипептида
Создайте в файле ACD ChemSketch новую страницу. На ней изобразите реакцию образования пептидной связи между второй и третьей аминокислотой Вашего белка.
На схеме реакции должны быть показаны исходные реагенты и конечные продукты. С помощью ChemSketch подпишите названия этих аминокислот, а также название пептида.
Например, трипептид VVV по-русски будет называться валилвалилвалин, а названия других аминокислотных остатков в пептидах см. в файле "Названия аминокислот"
Схему реакции желательно поместить в отчет.
Упражнение 4. Схема пептида
Создайте в файле ACD ChemSketch новую страницу. Изобразите на ней пептид, состоящий из первой, второй и третьей аминокислот Вашего белка. Назовите трипептид, см. упр.2. Выделите остов пептида (остовом называется цепочка из N-Cα-C атомов) красным, как на образце внизу. Схему пептида и его название сохраните как один рисунок, поместите рисунок в отчет.
Дополнительное задание: сложная формула
Создайте в файле ACD ChemSketch новую страницу. На ней изобразите формулу фикоцианобилина, представленную ниже. Полученный рисунок поместите в отчет.
Отчет включает в себя HTML-файл c рисунками и подписями к рисункам, а также собственно документ ChemSketch в формате "sk2". Ссылку на HTML-файл отчета следует разместить на странице первого семестр.
Поместите окончательные варианты файлов xxx.html и xxx.sk2 в директорию H:\public_html\term1\txt, а все картинки ? в директорию H:\public_html\term1\images. Подписи к рисункам можно сделать в HTML-файле отчета или непосредственно в редакторе ACD ChemSketch.
Для получения минимального зачетного балла достаточно выполнить упражнения №№ 1, 2 и 4.