Занятие 14: Контакты в структуре белка |
||||||||||
Перед вами поставлены следующие задачи:
Создайте директорию Н:\Term1\Block3\Practices\Practice14, а в ней – файлы протокола, aacontacts.html и ligand.html. HTML-странички делайте на основе ранее созданного шаблона. При выполнении работы пользуйтесь подсказками.
выбранный остаток фенилаланина представлен в шарнирной модели, в подписи указан № остатка, контактирующие с ним а.о представлены в проволочной модели, а их непосредственно контактирующие атомы в виде шариков среднего размера, все атомы раскрашены по химическим элементам. в первом примере и донором и акцептором водорода являются атомы кислорода, во втором — и донором и акцептором являются атомы азота. Создайте картинки, где оба а.о представлены в шарнирной модели, для каждого остатка указано его название и №, а также показано расстояние между донором и акцептором. С помощью команды ssbonds <толщина линии> получите изображение дисульфидных мостиков в инсулине. Если все получилось, проверьте, нет ли дисульфидных мостиков в вашем белке. Если такие связи есть, создайте картинку, аналогичную уже созданным. При выборе лиганда посоветуйтесь с преподавателем! Определите, какие атомы белка находятся на расстоянии не более, чем на 5.0 Å от атомов лиганда. Представьте такие атомы белка в виде небольших шариков с раскраской по химическим элементам. Выберите наиболее важные, на ваш взгляд, контакты, удерживающие лиганд в структуре. Опишите их в таблице следующего вида.
Создайте изображение, где лиганд представлен в виде толстой проволочной модели, а контактирующие с ними атомы белка - в шариковой модели и с подписями. В подписи укажите № остатка и имя атома. Атомы нужно раскрасить по химическим элементам. Покажите самое маленькое (на ваш взгляд) расстояние между атомами лиганда и атомами белка. Создайте скрипт ligand.spt, воспроизводяший такую картинку. Будет отлично, если вы сделаете немного более сложную картинку: лиганд – в шарнирной модели, контактирующие атомы по-прежнему в шариковой, и в тонкой проволочной модели представлены аминокислотные остатки, к которым эти атомы относятся, подписаны названия остатков. |