Занятие 2: задания
   
[ Инструкция по FAR ] [ Примеры контрольных заданий по FAR ]

  1. Зайдите в систему, используя свое пользовательское имя и пароль.

  2. Откройте FAR manager, подберите удобные для вас настройки консоли Windows.

    3. Нажмите: "Пуск" => "All Programs" => "Base" => "Far". Перетащите мышкой иконку FAR на рабочий стол и откройте FAR, щелкнув по этой иконке.
    Подберите удобный вам размер окна и удобный тип шрифта. Для этого переместите курсор на верхнюю - синюю - полоску окна FAR, щелкните правой кнопкой мыши. В появившемся меню выберите "Properties" =>" Layout" - для изменения размера окна (следите, чтобы " Window Size" был равен "Buffer size", иначе будет неудобно работать); "Font" - для изменения шрифта. Попробуйте сделать ширину окна 100 символов и высоту 70 - это сделает окно FAR примерно в половину экрана.

    После этого отложите мышку в сторону и используйте только клавиатуру!

  3. Подберите удобные настройки FAR manager.

    4. Выберите способ отображения информации о файлах, для этого можно использовать сочетания левой клавиши <Ctrl> с любой цифрой, а можно вызвать главное меню (<F9>) и оттуда изменить настройки панели.
    Настройте левую панель на диск Р, директория y10\Term1\Block_1\Pr_2, а правую - на диск H.
    Сохраните настройки FAR. Для этого в главном меню FAR выберите "Options" => "Save setup".

  4. С помощью команд FAR manager создайте следующее дерево директорий для практикумов и зачетных задание на (сетевом) диске H:


  5. Создайте файл протокола с именем вида 'XXXX_protocol.txt' в рабочей директории, где "XXXX" - ваша фамилия, записанная латинскими буквами.

    6. Записывайте в протокол ход выполнения заданий: задачи, ответы, ваши рассуждения и действия. Вести протокол нужно так, чтобы на следующей неделе вы (а заодно и преподаватели) могли бы разобраться, что вы сделали.

  6. Запишите в протокол описание заданного вам белка

    7. Найдите в директории P:\y10\Term1\Block_1\Pr_2 файл с описанием полного генома сенной палочки, Bacillus subtilis, и скопируйте его в директорию Practice2 на диске Н:.
    Откройте его для редактирования (<F4>), пролистайте. С помощью редактора FAR определите, сколько всего строк в файле, сколько из них содержат собственно нуклеотидную последовательность генома.
    Найдите заданный белок (<F7>), поиск лучше всего вести по имени гена. Начало информации о гене и белке начинается со строки со словом CDS (от "CoDing Sequence").
    Скопируйте в протокол найденное описание белка, сохраните файл с протоколом (<F2>).
    Подсказки см. в инструкции по FAR..

  7. Создайте файл с аминокислотной последовательностью заданного вам белка в стандартном формате FASTA.

    8. Создайте файл с именем my_protein.fasta.
    Откройте новый файл и отредактируйте его. Пример последовательности в нужном формате:
    >CCPA_BACSU Catabolite control protein A 
MSNITIYDVAREANVSMATVSRVVNGNPNVKPTTRKKVLEAIERLGYRPNAVARGLASKK
TTTVGVIIPDISSIFYSELARGIEDIATMYKYNIILSNSDQNMEKELHLLNTMLGKQVDG
IVFMGGNITDEHVAEFKRSPVPIVLAASVEEQEETPSVAIDYEQAIYDAVKLLVDKGHTD
IAFVSGPMAEPINRSKKLQGYKRALEEANLPFNEQFVAEGDYTYDSGLEALQHLMSLDKK
PTAILSATDEMALGIIHAAQDQGLSIPEDLDIIGFDNTRLSLMVRPQLSTVVQPTYDIGA
VAMRLLTKLMNKEPVEEHIVELPHRIELRKSTKS
    Сохраните новый файл.
    Удалите файл с геномом из вашей рабочей директории.

  8. Сохраните в протоколе hex-коды 4-х символов в 3-х разных кодировках.

    9. Заданные символы: русская буква "с", английская "с", символы пробела и конца строки.

  9. Создайте файл aanames.txt, содержащий таблицу названий и обозначений аминокислот.

    10. В таблице - 4-е столбца: однобуквенное обозначение; трехбуквенное обозначение; английское название; русское (в Win-кодировке!) название. Используйте клавишу <Tab> для разделения обозначений в строках.