| |
|
Поиск контактов (рекомендуемая последовательность действий)
- Получите изображение только тех аминокислотных остатков или лигандов, контакты которых Вы исследуете (команды restrict ?? и select ??).
- Представьте а.о. или лиганд в шарнирной модели (команды wireframe ???? и spacefill ????).
- Определите множество атомов белка на нужном вам расстоянии от исследуемого объекта(команда select within(.....)).
Если вам нужны не все атомы, а какое-либо определенное множество (например, sidechain, oxygen), используйте логические операторы.
- Представьте выделенные атомы в виде маленьких шариков (spacefill 50) с раскраской по химическим элементам.
- Изучите полученную картинку. Выберите пример. Определите №№ а.о., контактирующих с лигандом или с выбранным а.о
(щелчок по изображению атома приведет к появлению его имени в командном окне). Может оказаться, что использованный геометрический критерий слишком либеральный,
и на заданном расстоянии находится слишком много атомов, тогда имеет смысл ужесточить критерий. На этом же этапе удобно проверить, получили ли вы желаемый результат или нечто совсем неожиданное.
- Теперь можно приступить к созданию нужного изображения.
Чтобы определить расстояние между атомами, необходимо выбрать Меню - Установки - Расстояние. После шелчка левой кнопкой мыши вначале по одному,
а затем по другому атому в командном окне будут показаны имена атомов а также расстояние между ними в Å. К сожалению, в графическом окне
RasMol отображается только последнее измерение, поэтому надо подумать, расстояние между какими атомами вы хотите показать в отчете.
При определении типа контакта будем использовать простейшие геометрические критерии.
|