Занятие 12: карта Рамачандрана
   
Создайте директорию Н:\Term1\Block3\Practices\Practice12, а в ней – файл протокола, файл ramachandran.html. HTML-страничку делайте на основе ранее созданного шаблона.

  1. Определите торсионные углы φ, ψ и ω у десятого аминокислотного остатка заданного вам белка

    2. Прочитайте в подсказках, как определять углы φ, ψ и ω в полипептидной цепи.
    Скопируйте в протокол таблицу (см. подсказки) и внесите в нее описание нужных атомов.
    Проведите измерения углов и занесите результаты в таблицу.

    Таблица. Измерение торсионных углов остатка Xxx10 в белке XXXX_BACSU, цепь А

    Название
    двугранного
    угла         		Угол определяется по координатам атомов
    (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
    в скобках – название атома)         		Данный угол описывает
    поворот вокруг связи     		Результат измерения
    с помощью RasMol
    φ
    1. SER9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
    2. ....
      3. ...
      ...
    		Ni - C&alphai  
    ψ      
    ω      

  2. Получите изображение, иллюстрирующее определение угла φ

    3. На картинке должно быть следующее
    • на белом фоне изображены 4 атома, координаты которых были использованы при вычислении угла φ,
    • фрагмент отображен в шарнирной модели (наложение шириковой модели, например, размера 120 и проволочной модели размера 40),
    • есть подписи, содержащие название остатка, номер позиции и имя атома,
    • 2-й и 3-й атомы должны быть спроецированы в одну точку так, чтобы получившийся угол был равен торсионному углу,
    • атомы раскрашены в соответствие со стандартной раскраской по атомам.

    Сохраните изображение в графическом файле. Вставьте картинку в протокол. Сделайте к ней поясняющую подпись (см. подсказки).
    Пример:

    Дополнительно: создайте скрипт, позволяющий получить изображение из упр.2.
    Скопируйте в рабочую директорию данного занятия скрипт, созданный на прошлом занятии. Сохраните его под именем exercise12.spt. Добавьте в конец скрипта команды
    restrict none
    pause
    Затем добавьте команды, нужные для получения картинки.

  3. Постройте карты Рамачандрана для следующих множеств аминокислотных остатков

    1. все остатки заданного белка;

    2. все остатки пролина заданного белка (это необязательное упражнение);

    3. все остатки глицина заданного белка;

    4. все остатки в альфа-спиралях;

    5. все остатки в бета-листах.

    Совет. Если Вы строите карты с помощью Excel, то имеет смысл все их построить на одном листе рабочей книги и в одном стиле.
    Более того, данные, полученные с помощью RasMol можно представить всего на 2-х диаграммах: на первой – данные для множеств а), b) и с), при этом каждое множество точек выделить своим цветом, на второй – данные для множеств a), d) и e).

    Полученные картинки скопируйте в протокол и прокомментируйте. Все наблюдения занесите в протокол.