Занятие 2. Банк UniProt

  1. Извлеките из банка UniProt документ, содержащий информацию о вашем белке

    Прорамма entret на сервере kodomo умеет извлекать записи из локальных банков данных. Чтобы получить документ для вашего белка, задайте в качестве аргумента строку: sw:<ID_вашего_белка>.

  2. Откройте документ программой less и заполните таблицу:

     Метка поляСодержание
    Код(ы) доступа ("Accession number")  
    Идентификатор записи в БД  
    Название (краткое описание) белка  
    Дата создания документа  
    Дата последнего исправления аннотации  
    Число публикаций, использованных при создании документа  
    Журнал и год самой поздней публикации  
    Ключевые слова  
    Что содержит поле комментариев?  
    Идентификаторы записей PDB  

  3. Ответьте на (хотя бы) один из вопросов для вашего белка

  4. Определите, сколько белков в UniProt имеют примерно тоже описание (DE), что и Ваш белок и заполните таблицу

    Запрос Число записей в SwissProt Число записей в TrEMBL
       
       
       
    1. Зайдите на сайт UniProt: http://www.uniprot.org/
    2. В верхней части страницы увидите Search in...Query...
    3. В окошке Search in выберите UniProtKB, а в окошко Query введите запрос — одно или несколько слов из описания вашего белка, нажмите "Search". Если вы хотите искать словосочетание, то заключите его в кавычки: "например так"
    4. В верхней части страницы с результатами поиска найдите информацию о числе находок.

  5. Сравните запись своего белка с записью одного белка с похожим описанием

    1. Выберите один из белков (по возможности с наиболее похожим описанием, но из другого организма), перейдите на его страницу по гиперссылке его Accession
    2. Эта гиперссылка ведет на html-страничку, содержащую информацию из записи, оформленную в специальном "дружественном к пользователю" виде. Имеет смысл изучить такую страничку и возможности, там предоставленные.
    3. Получить запись в TXT формате вы можете либо с помощью программы entret, либо дописать .txt в поле браузера
    4. Заполните таблицу.
       Метка поляБелок 1Белок 2
      Первый код доступа   
      Идентификатор последовательности в БД   
      Название (краткое описание) белка   
      Дата создания документа   
      Дата последнего исправления аннотации   
      Название организма   
      Классификация организма (список таксонов)   
      Длина последовательности   
      Молекулярная масса белка   
      Число публикаций, использованных при создании документа   
      Журнал и год самой поздней публикации   
      Описание вторичной структуры   
      Ключевые слова   
      Темы, освещённые в комментариях   
      Особенности последовательности   
      Идентификаторы записей PDB   

    5. Опишите свои впечатления от сравнения двух записей.

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

Cеместры Студенты Преподаватели