Указания к занятию 12

Как запустить PSI-BLAST

Зайти на сайт http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/, последовать по ссылке "protein blast", далее в верхнее окошко скопировать последовательность или AC, в разделе "Database" выбрать Swissprot, а в разделе "Algorithm" выбрать "PSI-BLAST". Чтобы изменить параметры, например, число выдаваемых последовательностей или порог на включение последовательности в PSSM, щелкните по "Algorithm parameters" внизу страницы.

Как посчитать число находок выше порога

Наведите курсор мыши на AC последней находки и посмотрите (внизу окна броузера) на дли-и-и-нный адрес гиперссылки: самое последнее число в ней и есть номер находки.

Более универсальный способ: скопируйте список находок во временный файл, открытый в редакторе Far manager. Если поставить курсор на последнюю строку, в правом верхнем углу окна можно увидеть номер этой строки.

Как запустить очередную итерацию

На страничке с результатами в нескольких местах есть кнопка "Go" с соответствующим объяснением.

Как догадаться, что процесс "сошёлся" и дальнейшие итерации ничего нового не дадут?

  1. По не изменившемуся числу находок (такой метод может изредка привести к ошибке).
  2. По отсутствию значков "New" на странице результатов.
  3. По (малозаметной) надписи в верхней части страницы с результатами. "No new sequences were found above the 0.005 threshold".