Указания к занятию 5

1. GeneDoc
   • Как запустить GeneDoc в компьютерном классе?
     Найдите (Start → Search и т.д.) исполняемый файл GeneDoc.exe и выведите на рабочий стол ссылку на него; дальнейшее понятно.
      
   • Как установить GeneDoc на свой компьютер?
     Скачать с сайта http://www.nrbsc.org/gfx/genedoc/ дистрибутив и запустить его.
      
   • Как импортировать последовательности в GeneDoc?
     В меню File выбираете Import. В открывшемся окошке указываете формат "Fasta (Pearson)" и нажимаете "Import". Выбираете файл, затем "Open" и "Done".
      
   • Как редактировать выравнивание?
     Первый способ. Включите режим "Grab and drag sequences". Это можно сделать либо в меню Arrange, либо комбинацией <Ctrl+A>. В этом режиме можно "цеплять" мышью участки последовательности и сдвигать их.

     Второй способ. Режимы "Insert gap into sequence" и "Delete gap from sequence" в меню Arrange. В этих режимах можно вставлять/убирать пробелы щелчком мыши.

   • Как создать картинку с выравниванием?
     Меню Edit → Select blocks to copy . После этого щёлкаете по выравниванию, затем Edit → Copy selected blocks to metafile и картинка оказывается в буфере. Теперь надо выложить её из буфера (<Ctrl+V>) в Paint или другой графический редактор, после чего сохранить в нужном формате (GIF или PNG или JPEG).
   
    
2. Blast 2 sequences
   Чтобы выравнивать аминокислотные последовательности, надо в меню вверху страницы выбрать вкладку "blastp". В верхнее окошко ("Enter Query Sequence") скопируйте либо последовательность вашего белка в fasta-формате, либо его первый AC. В окошко "Enter Subject Sequence" положите фрагмент, координаты которого Вы хотите найти. Нажмите "BLAST" и дождитесь результата. Результат состоит из нескольких частей, из которых в данном упражнении вам нужна последняя: выравнивание, в котором "верхняя" последовательность фигурирует под именем "Query", а "нижняя" — под именем "Subject".
    
3.  
   Карта локального сходства в bl2seq называется "Dot matrix view". Щёлкните по названию, чтобы увеличить картинку. Чтобы сохранить изображение, щёлкните по нему правой кнопкой мыши и выберите "Copy Image"; затем выложите содержимое буфера в любой графический редактор (например, Paint) и сохраните в нужном формате.