- Как с помощью GeneDoc получить картинку с изображением выбранного
фрагмента выравнивания
Прежде всего, проследите, что названиями последовательноcтей служат ID
записей Swiss-Prot. Если это не так, откройте Project →
Edit Sequences List, в открывшемся окошке "Sequence Dialog" (оно открывается также
нажатием <Ctrl+Q>) можно не только менять порядок расположения
последовательностей, удалять ненужные и т.п., но и редактировать их имена,
для этого надо выполнить двойной щелчок левой кнопкой мыши по имени.
Чтобы завершить редактирование списка последовательностей, нажмите кнопку
"DONE".
GeneDoc позволяет сохранить в виде картинки только целый блок
выравнивания (блоком в GeneDoc называется один из кусков,
на которые разбивается выравнивания, чтобы оно помещалось по ширине в окне).
Ширину блоков можно регулировать либо изменением ширины окна программы,
либо выбрав в меню Project → Configure (<Ctrl+G>) "Fixed"
в разделе "Seq Block Sizing".
Подберите ширину блока так, чтобы выбранный фрагмент был примерно в середине
какого-нибудь блока. Пометьте как-нибудь границы выбранного фрагмента.
Например, можно
выбрать в меню Shade "Manual shade mode", затем нажать на "Back" или
"Text" и выбрать какой-нибудь яркий цвет, после чего, щелкая
по буквам на границе фрагмента, вы будете их перекрашивать соответствующим образом.
Можно также вписать звёздочки или другие символы в строку консенсуса
(ниже выравнивания) или в строку нумерации (выше выравнивания), отметив таким
образом колонки, не входящие (или, наоборот, входящие) во фрагмент.
Желательно всё же, чтобы нумерация фрагмента при этом не пропала. Чтобы
писать в эти строки, достаточно сделать двойной щелчок в нужное место.
Не забудьте указать в отчёте, как именно выделен ваш фрагмент!
Как сохранить полученное изображение, см. в подсказках к предыдущим заданиям.
Есть и другой вариант: в меню Edit
выбрать "Copy selected blocks to HTML" и создать HTML-файл (или его фрагмент)
с изображением выравнивания.
- Синтаксис паттерна
См. Pattern syntax rules
на сайте PROSITE.
То же другими словами можно прочитать, выполнив на kodomo
команду fuzzpro -help.
- Как "усилить" или "ослабить" паттерн? (советы, а не инструкции)
В сильный паттерн имеет смысл включить все позиции выбранного
фрагмента выравнивания, а в каждой позиции
(кроме, разумеется, тех, в которых оказались гэпы)
разрешить все буквы, встретившиеся в этой позиции, и только их.
При создании слабого паттерна можно
пользоваться (одновременно или по отдельности) следующими приёмами:
– в позициях,
в которых 5 или более разных букв, заменить эти буквы в квадратных скобках
буквой X;
– сократить паттерн,
убрав по 2–3 позиции с каждого из концов;
– модифицировать паттерн, исходя из ваших знаний
о родстве аминокислот, например, вместо [IL] можно попробовать написать
[ILMV], вместо [NS] — [NST] и т.п.
– иногда можно вместо, например, [RKYW] написать {AG}
(то есть если Вы видите, что в вашей выборке
все остатки в данной позиции обладают большой боковой цепью,
то вместо перечисления всех встретившихся букв напишите запрет
на маленькие остатки)
– если выбранный фрагмент содержит пропуск,
то можно ослабить условия на него, например, вместо x(2,3) написать x(1,5)
и т.п.
- Как искать последовательности по паттерну?
Первый способ (online)
Откройте главную страничку базы данных
PROSITE.
Перейдите по гиперссылке "ScanProsite" (в разделе
"Tools for PROSITE"). На открывшейся странице введите
Ваш паттерн в правое окошко и проверьте, что поиск будет идти по Swiss-Prot.
Ниже в выпадающем меню имеет смысл выбрать в качестве формата
выдачи результатов формат "Plain text tabular". Щелкните по кнопке
"START THE SCAN" (слева внизу). Ждите результата.
Второй способ (на машине kodomo)
Выполните команду:
fuzzpro -pattern XXXXXX
(вместо XXXXXX вставьте свой паттерн).
Указание: в программе Putty одновременное нажатие
правой и левой кнопок мыши копирует содержимое буфера обмена в командную
строку.
На вопрос "Input sequences" ответьте "sw:*"
(что означает все последовательности банка Swiss-Prot). На вопрос
о допустимом числе несовпадений ("Number of mismatches")
ответьте по умолчанию (т.е., 0), на вопрос о выходном файле — как хотите.
- Как искать в данной последовательности мотивы, описанные
в банке PROSITE?
Откройте главную страничку PROSITE.
Введите в нужное окошко AC, ID или последовательность Вашего белка.
Нажмите кнопку "Quick Scan".
Обращайте внимание на чекбокс "Exclude patterns with a high probability
of occurrence". Если в нем стоит галочка, то будут выданы только
"специфичные" мотивы — те, которые отвечают семействам белков
(один-два, а часто — ни одного).
В противном случае будут выданы также "неспецифичные", часто встречающиеся мотивы
(такие, как возможный сайт N-гликозилирования).
|