Занятие 3. Поисковые системы

  1. Найдите Ваш белок в банке SwissProt, пользуясь тремя поисковыми системами

    • MRS http://mrs.cmbi.ru.nl/mrs-web/

      в окошке Search выберите Swiss-Prot, в окошко for внесите id:xxx_bacsu или ac:xxxxxx, нажмите Enter на клавиатуре

    • SRS http://srs.ebi.ac.uk/
      1. перейдите на Library Page.
      2. Отметьте checkbox против названия банка: UniPRotKB/Swiss-Prot.
      3. Нажмите "Standard Query Form".
      4. В одном из полей запроса выберите ID и внесите в окошко XXX_bacsu, или же выберите AccessionNumber и внесите в окошко xxxxxx.
      5. Нажмите Search. Последуйте по гиперссылке в левом столбце таблицы.
    • UniProt http://www.uniprot.org/

      в окошко Query внесите код доступа (AC) или идентификатор (ID) белка; нажмите Search .

    Откройте в трёх окнах соответствующую запись SwissProt в трёх "дружественных" видах. Кратко опишите в протоколе впечатления от сравнения этих трёх видов. Обращайте внимание, в частности, на то, как представлены "особенности" последовательности (поле FT).

  2. Найдите и изучите страницу с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt.

    В SRS на Library Page щелкните по названию банка. Откроется страница с описанием банка. В нижней части этой страницы имеется список полей; названия полей оформлены как гиперссылки на их описания. Пользуйясь возможностями, предоставляемыми этой страницей, ответьте на вопросы (ответы внесите в протокол):

    • Названия каких таксонов начинаются на "bacil"?
    • Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из рода Bacillus?
    • Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из отдела Firmicutes?

  3. Найдите белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией вашего белка

    Пользуясь SRS, составьте несколько запросов к банку SwissProt и заполните таблицу:
    Формулировка функции белкаСтрока запросаКоличество найденных документов
       
       
       
       

    Строка запроса содержится в верхней части страницы с результатами, в окошке "Query".

    При составлении запроса имейте в виду, что слова, входящие в описание вашего белка, приндексированы независимо друг от друга, поэтому имеет смысл вводить их по одному, соединяя знаком &.

    Если описание содержит несколько синонимов (в таблице синонимы названы "формулировками функции"), то имеет смысл сделать несколько запросов — по одному на каждый синоним. Если синонимов нет, ограничьтесь одним запросом.

  4. Сохраните найденные последовательности, для одного из запросов в fasta-формате

    В левой колонке страницы с результатами имеется кнопка "Save". Нажмите её и внимательно рассмотрите все возможности, предоставляемые появившейся страницей. При должной внимательности трудностей возникнуть не должно.

  5. (*) Найдите записи SwissProt , связанные с научными интересами известного российского (советского) биолога А.А.Нейфаха.

    Для тех записей, в которых Нейфах - автор первой публикации, сохраните табличку Excel, включающую описание белка; авторов, название и год публикации. Опишите научный интерес Нейфаха.

    Используйте следующие возможности SRS

    • Включение символов '*' и '?' в слова запроса.
    • На странице запроса задание полей, выводимы в таблицу с результатом.
    • Выбор находок для сохранения (checkbox)
    • Возможности сохранения (save)
    Публикации, среди авторов которых нет Нейфаха, следует убрать из таблицы.

  6. С помощью программы grep на сервере kodomo посчитайте сколько записей содержится в файле с белками Bacillus subtilis

    Файл находится в /P/y10/Term_2/Block1/Practice3/bacsu.gbk

    (**)посчитайте сколько записей белков имеют от десяти до пятнадцати ссылок из литературы.

    Приведите ответ и команды в протоколе.

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

Cеместры Студенты Преподаватели