Занятие 11. Программа MEME

Рабочая директория — H:\Term2\Block3\Practice11

Поиск мотивов программой MEME

В наборе гомологов вашего белка (задание 2 занятия 8) найдите мотивы (до трёх различных мотивов) программой MEME.

Указания. 1) Создайте лист-файл с "адресами" последовательностей (см. указания к занятию 8) или же файл с самими последовательностями (не выравниванием!) в fasta-формате. 2) Запустите на kodomo программу ememetext следующим образом:

 ememetext @myproteins.list memeout.txt temp.fasta -nmotifs 3

Здесь после знака "@" должно стоять название лист-файла. Если вы пользуетесь не лист-файлом, а файлом с последовательностями, знак "@" ставить не нужно.

Просмотрите выдачу программы — файл "memeout.txt". Занесите в отчёт: 1) сколько мотивов найдено; 2) для каждого мотива: во всех ли последовательностях он нашёлся, координаты и P-value в вашей последовательности, характеристики мотива: длину и E-value.

Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle

Откройте в GeneDoc выравнивание ваших последовательностей, полученное программой muscle. Выделите (цветом или иным образом) участки последовательностей, входящих в найденные программой MEME блоки. Сохраните msf-файл в рабочей директории данного задания. В отчёт включите изображения участков выравнивания, включающий блоки. Если мотивы, найденные MEME, оказались не выровнены программой muscle, обязательно отметьте это обстоятельство, опишите, чем отличаются выравнивания данных участков (выданные MEME и muscle), и постарайтесь найти объяснения различиям.

Поиск найденных мотивов в других последовательностях

Проведите программой MAST поиск мотивов, найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed) одного из доменов вашего белка, взятое из Pfam (см. предыдущее занятие, задание 2).

Этапы:

• извлеките последовательности из выравнивания (то есть уберите знаки пробелов и переведите в fasta-формат) программой degapseq:

   degapseq seed.msf seed.fasta
  

• запустите программу emast:

   emast -dfile seed.fasta memeout.txt mastout.html
  

  на вопросы программы отвечайте по умолчанию (нажатием <Enter>).
Откройте полученный файл (mastout.html) браузером. В отчёт вставьте гиперссылку на этот файл, а также следующую информацию: 1) в скольких последовательностях (из стольких-то, имевшихся в seed.fasta) нашёлся каждый из мотивов? 2) в скольких нашлись все мотивы? 3) соответствует ли выравнивание, взятое из Pfam, мотивам? (если нет, приведите пример несоответсвия).

* (дополнительное)

Опробуйте сервис MEME Suite (на том же или другом материале). Опишите свои впечатления, замечания, неясные моменты.