Занятие 5

Дополнительные задания

1. Импортируйте последовательности, которые Вы выравнивали в обязательном упражнении 3, в GeneDoc. Попробуйте вручную воспроизвести выравнивание, полученное программой bl2seq. Поскольку программа выдала одно или несколько частичных выравниваний, а вам нужно сделать полное, можно против всех остатков, не вошедших в частичные выравнивания, поставить гэпы. Ну а можно попытаться найти что-нибудь разумное и вне выданных выравниваний.
    
2. Поэкспериментируйте с программой bl2seq — попробуйте поменять матрицу или штрафы за гэпы (для этого на странице сервиса надо щёлкнуть по "Algorithm parameters"). Опишите результаты в протоколе.