Занятие 7

Дополнительные задания

1. Поменяйте в BLAST какие-либо параметры (гиперссылка "Algorithm parameters") и повторите один из поисков, проделанных при выполнении обязательных упражнений.

2. Для одной из находок (при одном из поисков), для которой E-value оказалось больше 1, подумайте, является ли она всё же гомологом исходного белка? (Естественно, "подумать" может включать анализ выдачи BLAST и других программ.) Если ответ не очевиден, попробуйте привести аргументы за и против.

3. Попробуйте другие интерфейсы к программе BLAST: на сайте EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/ и на сайте Expasy: http://www.expasy.ch/tools/blast/. Опишите достоинства и недостатки каждого интерфейса, которые обратили на себя ваше внимание.