Зачётное задание

Работа выполняется в течение 90 мин. (академической пары). Все файлы с результатами к окончанию этого периода должны лежать в директории H:\Term2\Block3\CW2 . Файлы скачиваются автоматически, поэтому следите, чтобы в названии директории не было опечаток!

Отчёт можно писать в простом текстовом формате, Word'е или в HTML; соответственно, файл с отчётом должен называться "report.txt", "report.docx", "report.rtf" или "report.html".

Задача 1.

Сколько белков млекопитающих с рекомендуемым названием "Alpha-enolase" (альфа-энолазы) содержится в банке Swiss-Prot? Как выглядят ID этих записей Swiss-Prot?

Задача 2.

Какие паттерны из Prosite (кроме "часто встречающихся") содержатся в альфа-энолазе человека?

Задача 3.

Создайте файл "enolase_ali.fasta", содержащий выравнивание всех альфа-энолаз млекопитающих из Swiss-Prot в fasta-формате.

Задача 4.

Откройте выравнивание, полученное при выполнении задачи 3, в JalView. Разметьте выравнивание следующим образом: участок человеческого белка, отвечающий паттерну семейства из Prosite, и всё, что выровнялось с ним, покрасьте по консервативности (BLOSUM62), остальное оставьте нераскрашенным. Сохраните проект JalView (файл "enolase_ali.jar").