Зачётное задание

Работа выполняется в течение 90 мин. (академической пары). Все файлы с результатами к окончанию этого периода должны лежать в директории H:\Term2\Block3\CW2 . Файлы скачиваются автоматически, поэтому следите, чтобы в названии директории не было опечаток!

Отчёт можно писать в простом текстовом формате, Word'е или в HTML; соответственно, файл с отчётом должен называться "report.txt", "report.docx", "report.rtf" или "report.html".

Задача 1.

Сколько белков позвоночных, содержащихся в банке Swiss-Prot, имеет ID, начинающийся с "CYB5_"?

Каково рекомендуемое название для этих белков, согласно Swiss-Prot?

Задача 2.

Какие паттерны из банка Prosite (кроме "часто встречающихся") содержатся в белке с идентификатором CYB5_HUMAN?

Задача 3.

Создайте файл "cyb5_ali.fasta", содержащий выравнивание последовательностей всех упомянутых в задаче 1 белков в fasta-формате.

Задача 4.

Откройте выравнивание, полученное при выполнении задачи 3, в JalView. Удалите из выравнивания самую короткую последовательность. Разметьте оставшееся выравнивание следующим образом: участок белка CYB5_HUMAN, отвечающий паттерну семейства из Prosite, и всё, что выровнялось с ним, покрасьте по консервативности (BLOSUM62), остальное оставьте нераскрашенным. Сохраните проект JalView (файл "cyb5.jar").