Зачётное задание

Работа выполняется в течение 90 мин. (академической пары). Все файлы с результатами к окончанию этого периода должны лежать в директории H:\Term2\Block3\CW3 .

Отчёт можно писать в простом текстовом формате, Word'е или в HTML; соответственно, файл с отчётом должен называться "report.txt", "report.docx", "report.rtf" или "report.html".

Задача 1.

Сколько белков позвоночных с рекомендуемым названием "Gamma-enolase" (гамма-энолаза) содержится в банке Swiss-Prot? Как выглядят первые части (мнемоники функций) ID этих записей Swiss-Prot?

Задача 2.

Для каких гамма-энолаз известна пространственная структура? Перечислите коды записей банка PDB, в которых содержится информация о пространственной структуре гамма-энолаз. Какие элементы вторичной структуры (альфа-спирали, бета-тяжи или и те, и другие) имеются в гамма-энолазе? Укажите, как получить информацию о границах элементов вторичной структуры для тех белков, для которых она известна.

Задача 3.

Какие паттерны из Prosite (кроме "часто встречающихся") содержатся в гамма-энолазе человека? Приведите идентификаторы этих паттернов, сами паттерны и участки последовательности гамма-энолазы человека, отвечающие этим паттернам.

Задача 4.

Создайте файл "ge_ali.fasta", содержащий в fasta-формате выравнивание всех гамма-энолаз позвоночных из Swiss-Prot.

Задача 5.

Откройте выравнивание, полученное при выполнении задачи 3, в JalView. Разметьте выравнивание следующим образом: участки человеческого белка, отвечающие паттернам семейства из Prosite, и всё, что выровнялось с ними, покрасьте по консервативности (BLOSUM62), остальное оставьте нераскрашенным. Сохраните проект JalView (файл "ge_ali.jar").