Указания к занятию 9
Если вдруг выяснится, что ваши последовательности вообще не из Swiss-Prot, придётся переделать упр. 1 предыдущего задания Выделите мышью выбранный блок. Щёлкните по нему правой кнопкой мыши и выберите Edit → Copy; затем в меню "Edit" выберите Paste → To New Alignment. В новом выравнивании раскрасьте столбцы по Blosum62 (Меню "Colour") и удалите графики консервативности, качества и соответствия консенсусу (щелчок правой кнопкой по названию графика → Delete This Row). После этого File → Export Image → PNG. То же другими словами можно прочитать, выполнив на kodomo
команду
При создании слабого паттерна можно
пользоваться (одновременно или по отдельности) следующими приёмами:
Откройте главную страничку базы данных PROSITE. Перейдите по гиперссылке "ScanProsite" (в разделе "Tools for PROSITE"). На открывшейся странице скопируйте свой паттерн в правое окошко и проверьте, что поиск будет идти по Swiss-Prot. В качестве формата выдачи результата (выпадающее меню в левом нижнем углу) имеет смысл выбрвть "Plain text tabular". Щелкните по кнопке "START THE SCAN" (слева внизу). Ждите результата. Второй способ (на машине kodomo) Выполните команду: fuzzpro -pattern XXXXXX(вместо XXXXXX вставьте свой паттерн). Указание: в программе Putty одновременное нажатие правой и левой кнопок мыши копирует содержимое буфера обмена в командную строку.
На вопрос "Input sequences" ответьте "
Обращайте внимание на чекбокс "Exclude patterns with a high probability of occurrence". Если в нем стоит галочка, то будут выданы только "специфичные" мотивы — те, которые отвечают семействам белков (один-два, а часто — ни одного). В противном случае будут выданы также "неспецифичные", часто встречающиеся мотивы (такие, как возможный сайт N-гликозилирования). |