- Как с помощью JalView получить картинку с изображением выбранного
фрагмента выравнивания
Прежде всего, проследите, что названиями последовательноcтей служат ID
записей Swiss-Prot. Если это не так, щёлкните правой кнопкой мыши по названию,
выберите "Edit Name/Description" и измените имя.
Если вдруг выяснится, что ваши последовательности вообще не
из Swiss-Prot, придётся переделать упр. 1 предыдущего задания
Выделите мышью выбранный блок. Щёлкните по нему правой кнопкой мыши и
выберите Edit → Copy; затем в меню "Edit" выберите Paste → To New Alignment.
В новом выравнивании раскрасьте столбцы по Blosum62 (Меню "Colour")
и удалите графики консервативности, качества и соответствия консенсусу
(щелчок правой кнопкой по названию графика → Delete This Row).
После этого File → Export Image → PNG.
- Синтаксис паттерна
См. Pattern syntax
на сайте PROSITE.
То же другими словами можно прочитать, выполнив на kodomo
команду fuzzpro -help.
- Как "усилить" или "ослабить" паттерн? (советы, а не инструкции)
В сильный паттерн имеет смысл включить все позиции выбранного
фрагмента выравнивания, а в каждой позиции
(кроме, разумеется, тех, в которых оказались гэпы)
разрешить все буквы, встретившиеся в этой позиции, и только их.
При создании слабого паттерна можно
пользоваться (одновременно или по отдельности) следующими приёмами:
– в позициях,
в которых 5 или более разных букв, заменить список этих букв
буквой x;
– сократить паттерн,
убрав по 2–3 позиции с каждого из концов;
– модифицировать паттерн, исходя из ваших знаний
о родстве аминокислот, например, вместо [IL] можно попробовать написать
[ILMV], вместо [NS] — [NST] и т.п.
– иногда можно вместо, например, [RKYW] написать {AG}
(то есть если Вы видите, что в вашей выборке
все остатки в данной позиции обладают большой боковой цепью,
то вместо перечисления всех встретившихся букв напишите запрет
на маленькие остатки)
– если выбранный фрагмент содержит гэп,
то можно ослабить условия на него, например, вместо x(2,3) написать x(1,5)
и т.п.
- Как искать последовательности по паттерну?
Первый способ (online)
Откройте главную страничку базы данных
PROSITE.
Перейдите по гиперссылке "ScanProsite" (в разделе
"Tools for PROSITE"). На открывшейся странице скопируйте
свой паттерн в правое окошко и проверьте, что поиск будет идти по Swiss-Prot.
В качестве формата выдачи результата (выпадающее меню в левом нижнем углу) имеет смысл
выбрвть "Plain text tabular". Щелкните по кнопке
"START THE SCAN" (слева внизу). Ждите результата.
Второй способ (на машине kodomo)
Выполните команду:
fuzzpro -pattern XXXXXX
(вместо XXXXXX вставьте свой паттерн).
Указание: в программе Putty одновременное нажатие
правой и левой кнопок мыши копирует содержимое буфера обмена в командную
строку.
На вопрос "Input sequences" ответьте "sw:*"
(что означает все последовательности банка Swiss-Prot). На вопрос
о допустимом числе несовпадений ("Number of mismatches")
ответьте по умолчанию (т.е., 0), на вопрос о выходном файле — как хотите.
- Как искать в данной последовательности мотивы, описанные
в банке PROSITE?
Откройте главную страничку PROSITE.
Введите в нужное окошко AC, ID или последовательность Вашего белка.
Нажмите кнопку "Quick Scan".
Обращайте внимание на чекбокс "Exclude patterns with a high probability
of occurrence". Если в нем стоит галочка, то будут выданы только
"специфичные" мотивы — те, которые отвечают семействам белков
(один-два, а часто — ни одного).
В противном случае будут выданы также "неспецифичные", часто встречающиеся мотивы
(такие, как возможный сайт N-гликозилирования).
|