Язык R и его применение в биоинформатике

# Язык R и его применение в биоинформатике
### Анастасия Жарикова
### 03.09.2021

---

# Преподаватели

- Жарикова Анастасия Александровна - *azharikova89@gmail.com*

- Пензар Дмитрий Дмитриевич - *dmitrypenzar1996@gmail.com*

- Валяева Анна Александровна - *valyaeva.ann@gmail.com*

## Где нас найти

- Ходите на занятия

- Чат ТГ "ФББ набор 2019, Алгоритмы и R"

- Комната 633, корпус Б

---

# Правила игры

- Занятия очные 
- Ходить можно только со своей группой (или поменяться)
- Презентации, домашние задания, дедлайны, ведомость и прочие материалы - на странице курса на kodomo
- Структура: 
  + 16 занятий
  + 10 квизов
  + 12 домашних заданий
  + 2 контрольные работы
  + защита проекта
- В курсе будут задачи и вопросы, касающиеся других предметов (например, статистика, молекулярная биология). Считается, что все предметы из прошлых семестров вы усвоили
- Сохраняйте коды домашних заданий, контрольных работ, квизов, проекта до получения зачета
- Задавайте вопросы: на занятии, после занятия, письмами на почту, в телеграмм (групповой чат или в личных сообщениях)

---

# Правила игры

- Квизы - короткие задания на 10-15 минут в начале занятия, обязательно прилагать код
- Квизы и контрольные работы не переписываются
- В случае пропуска по уважительной причине (справка в учебной части, поездка на конференцию) баллы пересчитываем
- Домашние задания являются обязательными
- На выполнение домашнего задания отводится не менее 14 дней
- После дедлайна домашние задания не принимаются ни в каком виде
- Если не ясна формулировка - спрашивайте!
- Сдавать домашние задания можно 1 раз только в виде отчета .pdf или .html с демонстрацией кода, загружая отчет в соответствующую форму
- Домашние задания нужно присылать на почту преподавателя

---

# Правила игры

- Задание №0 в каждом домашнем задании - проработать самостоятельно материалы лекции! 
- При написании кода необходимо использовать полученные знания. При сдаче работающего, но плохого или заведомо неоптимального кода - штраф до 30% от веса задачи
- При решении задания, требующего ответа, ответ должен быть сформулирован в явном виде. В противном случае задание не засчитывается
- Если в задании требуется прислать файл, то называть его следует по принципу: FBB_R_HW2_Petrov.R (.html,.pdf,...)
- Для защиты проекта можно использовать свои данные (предварительно показать преподавателю) или запросить датасет. Утвердить датасеты для проекта необходимо не позднее 3 декабря

---

# Почему R?

- Бесплатный
- Форумы, поддержка, развитие
- Быстрая и удобная статистическая обработка данных
- Построение красивых графиков
- Множество дополнительных пакетов
- Обработка данных RNA-seq
- Создание отчетов
- Некоторые лаборатории используют только R
- Еще один инструмент в вашем арсенале

---

# Что будет

---

# R и RStudio - Демонстрация

- Язык R - https://cloud.r-project.org/
- RStudio - https://rstudio.com/

## Где работать?

- Можно поставить себе на компьютер 
- RStudio на kodomo: https://kodomo.fbb.msu.ru/rstudio/

---

# R - рекомендации к работе

- Можно запускать без RStudio
- Можно запускать из командной строки
- RStudio - настоятельно рекомендуется (особенно на контрольных работах!)
- Организуйте свою работу:
  + Проект
  + Скрипты file.R
  + Отчеты file.Rmd
- Сохраняйте свой код в виде скриптов file.R (на контрольных работах - это обязательное требование)
или file.Rmd
- Сохраняйте полученные таблицы и графики в отдельные файлы
- Использовать Google можно и нужно!

---

# Markdown

В RStudio: File -> New File -> R Markdown -> пример документа

Запускается целиком, сразу видны ошибки и проблемы

Фрагменты кода записывают в “chunk”:

Переменные и функции, инициализированные в одном chunk, будут работать во всем документе

---

# Markdown

---

# Markdown

В случае ошибки в коде итоговый документ не будет создан, появится сообщение об ошибке

Читаем ошибку - исправляем - перезапускаем

---

# Markdown <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:black;overflow:visible;position:relative;"><path d="M280.37 148.26L96 300.11V464a16 16 0 0 0 16 16l112.06-.29a16 16 0 0 0 15.92-16V368a16 16 0 0 1 16-16h64a16 16 0 0 1 16 16v95.64a16 16 0 0 0 16 16.05L464 480a16 16 0 0 0 16-16V300L295.67 148.26a12.19 12.19 0 0 0-15.3 0zM571.6 251.47L488 182.56V44.05a12 12 0 0 0-12-12h-56a12 12 0 0 0-12 12v72.61L318.47 43a48 48 0 0 0-61 0L4.34 251.47a12 12 0 0 0-1.6 16.9l25.5 31A12 12 0 0 0 45.15 301l235.22-193.74a12.19 12.19 0 0 1 15.3 0L530.9 301a12 12 0 0 0 16.9-1.6l25.5-31a12 12 0 0 0-1.7-16.93z"/></svg>

https://rmarkdown.rstudio.com/index.html

https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf

## Домашние задания: 
- делаем в markdown (file.Rmd)
- сохраняем в file.html (или file.pdf)
- высылаем на почту преподавателя или прикрепляем в форму

---

# Оформление домашнего задания

Должно быть ясно: 
- кто вы
- номер домашнего задания
- номер и формулировка задания
- код 
- результат выполнения кода
- ответ, если нужно

---

# Оформление домашнего задания

---

# Полезные команды <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:black;overflow:visible;position:relative;"><path d="M280.37 148.26L96 300.11V464a16 16 0 0 0 16 16l112.06-.29a16 16 0 0 0 15.92-16V368a16 16 0 0 1 16-16h64a16 16 0 0 1 16 16v95.64a16 16 0 0 0 16 16.05L464 480a16 16 0 0 0 16-16V300L295.67 148.26a12.19 12.19 0 0 0-15.3 0zM571.6 251.47L488 182.56V44.05a12 12 0 0 0-12-12h-56a12 12 0 0 0-12 12v72.61L318.47 43a48 48 0 0 0-61 0L4.34 251.47a12 12 0 0 0-1.6 16.9l25.5 31A12 12 0 0 0 45.15 301l235.22-193.74a12.19 12.19 0 0 1 15.3 0L530.9 301a12 12 0 0 0 16.9-1.6l25.5-31a12 12 0 0 0-1.7-16.93z"/></svg>

getwd() # узнать рабочую директорию

setwd(‘Newdir’) # задать рабочую директорию

dir() # список файлов в рабочей директории

ls() # список переменных в рабочей дирректории

sessionInfo() # информация о загруженной сессии R

---

```r
*x <- 1:5
*x 
```
]
 
.panel2-vec-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```
]

---
count: false
 
# Основной тип данных - вектор
.panel1-vec-user[

```r
x <- 1:5
x
*y <- 6:10
*y 
```
]
 
.panel2-vec-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```
]

---
count: false
 
# Основной тип данных - вектор
.panel1-vec-user[

```r
x <- 1:5
x
y <- 6:10
y
*length(x)
```
]
 
.panel2-vec-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```

```
[1] 5
```
]

Что такое [1]?

```r
vec <- 100:120 
vec
```

```
 [1] 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118
[20] 119 120
```

---

```r
*x <- 1:5
*x 
```
]
 
.panel2-vec2-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```
]

---
count: false
 
# Операции с векторами
.panel1-vec2-user[

```r
x <- 1:5
x
*y <- 6:10
*y 
```
]
 
.panel2-vec2-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```
]

---
count: false
 
# Операции с векторами
.panel1-vec2-user[

```r
x <- 1:5
x
y <- 6:10
y
*x + y
```
]
 
.panel2-vec2-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```

```
[1]  7  9 11 13 15
```
]

---
count: false
 
# Операции с векторами
.panel1-vec2-user[

```r
x <- 1:5
x
y <- 6:10
y
x + y
*x^2
```
]
 
.panel2-vec2-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```

```
[1]  7  9 11 13 15
```

```
[1]  1  4  9 16 25
```
]

---
count: false
 
# Операции с векторами
.panel1-vec2-user[

```r
x <- 1:5
x
y <- 6:10
y
x + y
x^2
*x+3
```
]
 
.panel2-vec2-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```

```
[1]  7  9 11 13 15
```

```
[1]  1  4  9 16 25
```

```
[1] 4 5 6 7 8
```
]

---
count: false
 
# Операции с векторами
.panel1-vec2-user[

```r
x <- 1:5
x
y <- 6:10
y
x + y
x^2
x+3
*-x
```
]
 
.panel2-vec2-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```

```
[1]  7  9 11 13 15
```

```
[1]  1  4  9 16 25
```

```
[1] 4 5 6 7 8
```

```
[1] -1 -2 -3 -4 -5
```
]

---
count: false
 
# Операции с векторами
.panel1-vec2-user[

```r
x <- 1:5
x
y <- 6:10
y
x + y
x^2
x+3
-x
*x > 4
```
]
 
.panel2-vec2-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```

```
[1]  7  9 11 13 15
```

```
[1]  1  4  9 16 25
```

```
[1] 4 5 6 7 8
```

```
[1] -1 -2 -3 -4 -5
```

```
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
```
]

---
count: false
 
# Операции с векторами
.panel1-vec2-user[

```r
x <- 1:5
x
y <- 6:10
y
x + y
x^2
x+3
-x
x > 4
*x == 4
```
]
 
.panel2-vec2-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```

```
[1]  7  9 11 13 15
```

```
[1]  1  4  9 16 25
```

```
[1] 4 5 6 7 8
```

```
[1] -1 -2 -3 -4 -5
```

```
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
```

```
[1] FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE
```
]

---
count: false
 
# Операции с векторами
.panel1-vec2-user[

```r
x <- 1:5
x
y <- 6:10
y
x + y
x^2
x+3
-x
x > 4
x == 4
*x = 4
```
]
 
.panel2-vec2-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```

```
[1]  7  9 11 13 15
```

```
[1]  1  4  9 16 25
```

```
[1] 4 5 6 7 8
```

```
[1] -1 -2 -3 -4 -5
```

```
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
```

```
[1] FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE
```
]

---
count: false
 
# Операции с векторами
.panel1-vec2-user[

```r
x <- 1:5
x
y <- 6:10
y
x + y
x^2
x+3
-x
x > 4
x == 4
x = 4
*x 
```
]
 
.panel2-vec2-user[

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```
[1]  6  7  8  9 10
```

```
[1]  7  9 11 13 15
```

```
[1]  1  4  9 16 25
```

```
[1] 4 5 6 7 8
```

```
[1] -1 -2 -3 -4 -5
```

```
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
```

```
[1] FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE
```

```
[1] 4
```
]

---

# Операции с векторами

```r
x <- 1:5 
x 
```

```
[1] 1 2 3 4 5
```

```r
y <- 1:2 
y
```

```
[1] 1 2
```

```r
x+y
```

```
Warning in x + y: longer object length is not a multiple of shorter object
length
```

```
[1] 2 4 4 6 6
```

---

# Способы создания вектора <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:black;overflow:visible;position:relative;"><path d="M280.37 148.26L96 300.11V464a16 16 0 0 0 16 16l112.06-.29a16 16 0 0 0 15.92-16V368a16 16 0 0 1 16-16h64a16 16 0 0 1 16 16v95.64a16 16 0 0 0 16 16.05L464 480a16 16 0 0 0 16-16V300L295.67 148.26a12.19 12.19 0 0 0-15.3 0zM571.6 251.47L488 182.56V44.05a12 12 0 0 0-12-12h-56a12 12 0 0 0-12 12v72.61L318.47 43a48 48 0 0 0-61 0L4.34 251.47a12 12 0 0 0-1.6 16.9l25.5 31A12 12 0 0 0 45.15 301l235.22-193.74a12.19 12.19 0 0 1 15.3 0L530.9 301a12 12 0 0 0 16.9-1.6l25.5-31a12 12 0 0 0-1.7-16.93z"/></svg>

## Оператор с()

```r
c(1,2,3)
```

```
[1] 1 2 3
```

## Объединение

```r
x <- 1:3
x
```

```
[1] 1 2 3
```

```r
x <- c(x,5:7)
x
```

```
[1] 1 2 3 5 6 7
```

---

## Последовательности

```r
1:10
```

```
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
```

```r
seq(from=1,to=8,by=2)
```

```
[1] 1 3 5 7
```

## Повторы

```r
rep(1:3,times=3)
```

```
[1] 1 2 3 1 2 3 1 2 3
```

---

## Взять 10 случайных чисел от 1 до 30

```r
sample(1:30,10,replace=T)
```

```
 [1] 13 12  7 23 30 29 24 16 13  5
```

---

## Нужно сгенерировать заданное количество чисел из известного распределения

- rnorm(n,mean,sd) - нормальное распределение
- runif(n,min,max) - равномерное распределение
- rbinom(n,size,prob) - биномиальное распределение
- rpois(n,lambda) - распределение Пуассона

```r
set.seed(123)
rpois(20,10)
```

```
 [1]  8  9 14 10 10 15 11  5  4 13 11 11 10  8 15 11  3  7  6  8
```

---

# Описательная статистика <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:black;overflow:visible;position:relative;"><path d="M280.37 148.26L96 300.11V464a16 16 0 0 0 16 16l112.06-.29a16 16 0 0 0 15.92-16V368a16 16 0 0 1 16-16h64a16 16 0 0 1 16 16v95.64a16 16 0 0 0 16 16.05L464 480a16 16 0 0 0 16-16V300L295.67 148.26a12.19 12.19 0 0 0-15.3 0zM571.6 251.47L488 182.56V44.05a12 12 0 0 0-12-12h-56a12 12 0 0 0-12 12v72.61L318.47 43a48 48 0 0 0-61 0L4.34 251.47a12 12 0 0 0-1.6 16.9l25.5 31A12 12 0 0 0 45.15 301l235.22-193.74a12.19 12.19 0 0 1 15.3 0L530.9 301a12 12 0 0 0 16.9-1.6l25.5-31a12 12 0 0 0-1.7-16.93z"/></svg>

```r
set.seed(123)
a <- rpois(20,10)
sum(a)
```

```
[1] 189
```

```r
sd(a)
```

```
[1] 3.410124
```

```r
max(a)
```

```
[1] 15
```

```r
mean(a)
```

```
[1] 9.45
```

---

```r
*x <- c(T,F,F,T)
*typeof(x)
```
]
 
.panel2-vec3-user[

```
[1] "logical"
```
]

---
count: false
 
# Вектор - данные одного типа
.panel1-vec3-user[

```r
x <- c(T,F,F,T)
typeof(x)
*x <- c(0.5, 1.2, 3.6)
*typeof(x)
```
]
 
.panel2-vec3-user[

```
[1] "logical"
```

```
[1] "double"
```
]

---
count: false
 
# Вектор - данные одного типа
.panel1-vec3-user[

```r
x <- c(T,F,F,T)
typeof(x)
x <- c(0.5, 1.2, 3.6)
typeof(x)
*x <- 1:5
*typeof(x)
```
]
 
.panel2-vec3-user[

```
[1] "logical"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] "integer"
```
]

---
count: false
 
# Вектор - данные одного типа
.panel1-vec3-user[

```r
x <- c(T,F,F,T)
typeof(x)
x <- c(0.5, 1.2, 3.6)
typeof(x)
x <- 1:5
typeof(x)
*x <- c('a','b','c')
*typeof(x)
```
]
 
.panel2-vec3-user[

```
[1] "logical"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] "integer"
```

```
[1] "character"
```
]

---
count: false
 
# Вектор - данные одного типа
.panel1-vec3-user[

```r
x <- c(T,F,F,T)
typeof(x)
x <- c(0.5, 1.2, 3.6)
typeof(x)
x <- 1:5
typeof(x)
x <- c('a','b','c')
typeof(x)
*x <- c(F,1,2,T)
*typeof(x)
```
]
 
.panel2-vec3-user[

```
[1] "logical"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] "integer"
```

```
[1] "character"
```

```
[1] "double"
```
]

---
count: false
 
# Вектор - данные одного типа
.panel1-vec3-user[

```r
x <- c(T,F,F,T)
typeof(x)
x <- c(0.5, 1.2, 3.6)
typeof(x)
x <- 1:5
typeof(x)
x <- c('a','b','c')
typeof(x)
x <- c(F,1,2,T)
typeof(x)
*x 
```
]
 
.panel2-vec3-user[

```
[1] "logical"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] "integer"
```

```
[1] "character"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] 0 1 2 1
```
]

---
count: false
 
# Вектор - данные одного типа
.panel1-vec3-user[

```r
x <- c(T,F,F,T)
typeof(x)
x <- c(0.5, 1.2, 3.6)
typeof(x)
x <- 1:5
typeof(x)
x <- c('a','b','c')
typeof(x)
x <- c(F,1,2,T)
typeof(x)
x
*x <- c(1,2.8)
*typeof(x)
```
]
 
.panel2-vec3-user[

```
[1] "logical"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] "integer"
```

```
[1] "character"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] 0 1 2 1
```

```
[1] "double"
```
]

---
count: false
 
# Вектор - данные одного типа
.panel1-vec3-user[

```r
x <- c(T,F,F,T)
typeof(x)
x <- c(0.5, 1.2, 3.6)
typeof(x)
x <- 1:5
typeof(x)
x <- c('a','b','c')
typeof(x)
x <- c(F,1,2,T)
typeof(x)
x
x <- c(1,2.8)
typeof(x)
*x 
```
]
 
.panel2-vec3-user[

```
[1] "logical"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] "integer"
```

```
[1] "character"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] 0 1 2 1
```

```
[1] "double"
```

```
[1] 1.0 2.8
```
]

---
count: false
 
# Вектор - данные одного типа
.panel1-vec3-user[

```r
x <- c(T,F,F,T)
typeof(x)
x <- c(0.5, 1.2, 3.6)
typeof(x)
x <- 1:5
typeof(x)
x <- c('a','b','c')
typeof(x)
x <- c(F,1,2,T)
typeof(x)
x
x <- c(1,2.8)
typeof(x)
x
*x <- c(1,'a',F,5.5)
*typeof(x)
```
]
 
.panel2-vec3-user[

```
[1] "logical"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] "integer"
```

```
[1] "character"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] 0 1 2 1
```

```
[1] "double"
```

```
[1] 1.0 2.8
```

```
[1] "character"
```
]

---
count: false
 
# Вектор - данные одного типа
.panel1-vec3-user[

```r
x <- c(T,F,F,T)
typeof(x)
x <- c(0.5, 1.2, 3.6)
typeof(x)
x <- 1:5
typeof(x)
x <- c('a','b','c')
typeof(x)
x <- c(F,1,2,T)
typeof(x)
x
x <- c(1,2.8)
typeof(x)
x
x <- c(1,'a',F,5.5)
typeof(x)
*x 
```
]
 
.panel2-vec3-user[

```
[1] "logical"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] "integer"
```

```
[1] "character"
```

```
[1] "double"
```

```
[1] 0 1 2 1
```

```
[1] "double"
```

```
[1] 1.0 2.8
```

```
[1] "character"
```

```
[1] "1"     "a"     "FALSE" "5.5"  
```
]

---

```r
*x <- c(5,16,8,32,56,2)
*x 
```
]
 
.panel2-vec4-user[

```
[1]  5 16  8 32 56  2
```
]

---
count: false
 
# Срезы: по индексам
.panel1-vec4-user[

```r
x <- c(5,16,8,32,56,2)
x
*x[1]
```
]
 
.panel2-vec4-user[

```
[1]  5 16  8 32 56  2
```

```
[1] 5
```
]

---
count: false
 
# Срезы: по индексам
.panel1-vec4-user[

```r
x <- c(5,16,8,32,56,2)
x
x[1]
*x[2:4]
```
]
 
.panel2-vec4-user[

```
[1]  5 16  8 32 56  2
```

```
[1] 5
```

```
[1] 16  8 32
```
]

---
count: false
 
# Срезы: по индексам
.panel1-vec4-user[

```r
x <- c(5,16,8,32,56,2)
x
x[1]
x[2:4]
*x[c(2,5)]
```
]
 
.panel2-vec4-user[

```
[1]  5 16  8 32 56  2
```

```
[1] 5
```

```
[1] 16  8 32
```

```
[1] 16 56
```
]

---
count: false
 
# Срезы: по индексам
.panel1-vec4-user[

```r
x <- c(5,16,8,32,56,2)
x
x[1]
x[2:4]
x[c(2,5)]
*x[-1]
```
]
 
.panel2-vec4-user[

```
[1]  5 16  8 32 56  2
```

```
[1] 5
```

```
[1] 16  8 32
```

```
[1] 16 56
```

```
[1] 16  8 32 56  2
```
]

---
count: false
 
# Срезы: по индексам
.panel1-vec4-user[

```r
x <- c(5,16,8,32,56,2)
x
x[1]
x[2:4]
x[c(2,5)]
x[-1]
*x > 10
```
]
 
.panel2-vec4-user[

```
[1]  5 16  8 32 56  2
```

```
[1] 5
```

```
[1] 16  8 32
```

```
[1] 16 56
```

```
[1] 16  8 32 56  2
```

```
[1] FALSE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE
```
]

---
count: false
 
# Срезы: по индексам
.panel1-vec4-user[

```r
x <- c(5,16,8,32,56,2)
x
x[1]
x[2:4]
x[c(2,5)]
x[-1]
x > 10
*x[x > 10]
```
]
 
.panel2-vec4-user[

```
[1]  5 16  8 32 56  2
```

```
[1] 5
```

```
[1] 16  8 32
```

```
[1] 16 56
```

```
[1] 16  8 32 56  2
```

```
[1] FALSE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE
```

```
[1] 16 32 56
```
]

---
count: false
 
# Срезы: по индексам
.panel1-vec4-user[

```r
x <- c(5,16,8,32,56,2)
x
x[1]
x[2:4]
x[c(2,5)]
x[-1]
x > 10
x[x > 10]
*x[x >= 5 & x < 10]
```
]
 
.panel2-vec4-user[

```
[1]  5 16  8 32 56  2
```

```
[1] 5
```

```
[1] 16  8 32
```

```
[1] 16 56
```

```
[1] 16  8 32 56  2
```

```
[1] FALSE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE
```

```
[1] 16 32 56
```

```
[1] 5 8
```
]

---

```r
*x <- c(5,16,8,32,56,2)
*typeof(x)
```
]
 
.panel2-vec5-user[

```
[1] "double"
```
]

---
count: false
 
# Справки и помощь
.panel1-vec5-user[

```r
x <- c(5,16,8,32,56,2)
typeof(x)
*is.vector(x)
```
]
 
.panel2-vec5-user[

```
[1] "double"
```

```
[1] TRUE
```
]

---
count: false
 
# Справки и помощь
.panel1-vec5-user[

```r
x <- c(5,16,8,32,56,2)
typeof(x)
is.vector(x)
*is.logical(x)
```
]
 
.panel2-vec5-user[

```
[1] "double"
```

```
[1] TRUE
```

```
[1] FALSE
```
]

---
count: false
 
# Справки и помощь
.panel1-vec5-user[

```r
x <- c(5,16,8,32,56,2)
typeof(x)
is.vector(x)
is.logical(x)
*is.integer(x)
```
]
 
.panel2-vec5-user[

```
[1] "double"
```

```
[1] TRUE
```

```
[1] FALSE
```

```
[1] FALSE
```
]

- ?seq
- help(seq)
- example(seq)

---

```r
*a <- c(5,4,8)
*b <- c('a','b','c')
*h <- c(T,F,T)
*g <- c(1.5,2.5,3.7)
```
]
 
.panel2-vec6-user[

]

---
count: false
 
# Data frame
.panel1-vec6-user[

```r
a <- c(5,4,8)
b <- c('a','b','c')
h <- c(T,F,T)
g <- c(1.5,2.5,3.7)
*df <- data.frame(a,b,h)
```
]
 
.panel2-vec6-user[

]

---
count: false
 
# Data frame
.panel1-vec6-user[

```r
a <- c(5,4,8)
b <- c('a','b','c')
h <- c(T,F,T)
g <- c(1.5,2.5,3.7)
df <- data.frame(a,b,h)
*df
```
]
 
.panel2-vec6-user[

```
  a b     h
1 5 a  TRUE
2 4 b FALSE
3 8 c  TRUE
```
]

---
count: false
 
# Data frame
.panel1-vec6-user[

```r
a <- c(5,4,8)
b <- c('a','b','c')
h <- c(T,F,T)
g <- c(1.5,2.5,3.7)
df <- data.frame(a,b,h)
df

*df <- data.frame(a = c(5,4,8),
*                b = c('a','b','c'),
*                h = c(T,F,T),
*                g = c(1.5,2.5,3.7))
*df
```
]
 
.panel2-vec6-user[

```
  a b     h
1 5 a  TRUE
2 4 b FALSE
3 8 c  TRUE
```

```
  a b     h   g
1 5 a  TRUE 1.5
2 4 b FALSE 2.5
3 8 c  TRUE 3.7
```
]

---
count: false
 
# Data frame
.panel1-vec6-user[

```r
a <- c(5,4,8)
b <- c('a','b','c')
h <- c(T,F,T)
g <- c(1.5,2.5,3.7)
df <- data.frame(a,b,h)
df

df <- data.frame(a = c(5,4,8),
                 b = c('a','b','c'),
                 h = c(T,F,T),
                 g = c(1.5,2.5,3.7))
df
*str(df)
```
]
 
.panel2-vec6-user[

```
  a b     h
1 5 a  TRUE
2 4 b FALSE
3 8 c  TRUE
```

```
  a b     h   g
1 5 a  TRUE 1.5
2 4 b FALSE 2.5
3 8 c  TRUE 3.7
```

```
'data.frame':	3 obs. of  4 variables:
 $ a: num  5 4 8
 $ b: Factor w/ 3 levels "a","b","c": 1 2 3
 $ h: logi  TRUE FALSE TRUE
 $ g: num  1.5 2.5 3.7
```
]

---
count: false
 
# Data frame
.panel1-vec6-user[

```r
a <- c(5,4,8)
b <- c('a','b','c')
h <- c(T,F,T)
g <- c(1.5,2.5,3.7)
df <- data.frame(a,b,h)
df

df <- data.frame(a = c(5,4,8),
                 b = c('a','b','c'),
                 h = c(T,F,T),
                 g = c(1.5,2.5,3.7))
df
str(df)
*dim(df)
```
]
 
.panel2-vec6-user[

```
  a b     h
1 5 a  TRUE
2 4 b FALSE
3 8 c  TRUE
```

```
  a b     h   g
1 5 a  TRUE 1.5
2 4 b FALSE 2.5
3 8 c  TRUE 3.7
```

```
'data.frame':	3 obs. of  4 variables:
 $ a: num  5 4 8
 $ b: Factor w/ 3 levels "a","b","c": 1 2 3
 $ h: logi  TRUE FALSE TRUE
 $ g: num  1.5 2.5 3.7
```

```
[1] 3 4
```
]

---
count: false
 
# Data frame
.panel1-vec6-user[

```r
a <- c(5,4,8)
b <- c('a','b','c')
h <- c(T,F,T)
g <- c(1.5,2.5,3.7)
df <- data.frame(a,b,h)
df

df <- data.frame(a = c(5,4,8),
                 b = c('a','b','c'),
                 h = c(T,F,T),
                 g = c(1.5,2.5,3.7))
df
str(df)
dim(df)
*colnames(df)
```
]
 
.panel2-vec6-user[

```
  a b     h
1 5 a  TRUE
2 4 b FALSE
3 8 c  TRUE
```

```
  a b     h   g
1 5 a  TRUE 1.5
2 4 b FALSE 2.5
3 8 c  TRUE 3.7
```

```
'data.frame':	3 obs. of  4 variables:
 $ a: num  5 4 8
 $ b: Factor w/ 3 levels "a","b","c": 1 2 3
 $ h: logi  TRUE FALSE TRUE
 $ g: num  1.5 2.5 3.7
```

```
[1] 3 4
```

```
[1] "a" "b" "h" "g"
```
]

---
count: false
 
# Data frame
.panel1-vec6-user[

```r
a <- c(5,4,8)
b <- c('a','b','c')
h <- c(T,F,T)
g <- c(1.5,2.5,3.7)
df <- data.frame(a,b,h)
df

df <- data.frame(a = c(5,4,8),
                 b = c('a','b','c'),
                 h = c(T,F,T),
                 g = c(1.5,2.5,3.7))
df
str(df)
dim(df)
colnames(df)
*rownames(df)
```
]
 
.panel2-vec6-user[

```
  a b     h
1 5 a  TRUE
2 4 b FALSE
3 8 c  TRUE
```

```
  a b     h   g
1 5 a  TRUE 1.5
2 4 b FALSE 2.5
3 8 c  TRUE 3.7
```

```
'data.frame':	3 obs. of  4 variables:
 $ a: num  5 4 8
 $ b: Factor w/ 3 levels "a","b","c": 1 2 3
 $ h: logi  TRUE FALSE TRUE
 $ g: num  1.5 2.5 3.7
```

```
[1] 3 4
```

```
[1] "a" "b" "h" "g"
```

```
[1] "1" "2" "3"
```
]

---
count: false
 
# Data frame
.panel1-vec6-user[

```r
a <- c(5,4,8)
b <- c('a','b','c')
h <- c(T,F,T)
g <- c(1.5,2.5,3.7)
df <- data.frame(a,b,h)
df

df <- data.frame(a = c(5,4,8),
                 b = c('a','b','c'),
                 h = c(T,F,T),
                 g = c(1.5,2.5,3.7))
df
str(df)
dim(df)
colnames(df)
rownames(df)
*head(df)
```
]
 
.panel2-vec6-user[

```
  a b     h
1 5 a  TRUE
2 4 b FALSE
3 8 c  TRUE
```

```
  a b     h   g
1 5 a  TRUE 1.5
2 4 b FALSE 2.5
3 8 c  TRUE 3.7
```

```
'data.frame':	3 obs. of  4 variables:
 $ a: num  5 4 8
 $ b: Factor w/ 3 levels "a","b","c": 1 2 3
 $ h: logi  TRUE FALSE TRUE
 $ g: num  1.5 2.5 3.7
```

```
[1] 3 4
```

```
[1] "a" "b" "h" "g"
```

```
[1] "1" "2" "3"
```

```
  a b     h   g
1 5 a  TRUE 1.5
2 4 b FALSE 2.5
3 8 c  TRUE 3.7
```
]

Сколько строк? Сколько столбцов?

---

# Встроенные наборы данных

data()

?mtcars

---

# mtcars <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:black;overflow:visible;position:relative;"><path d="M280.37 148.26L96 300.11V464a16 16 0 0 0 16 16l112.06-.29a16 16 0 0 0 15.92-16V368a16 16 0 0 1 16-16h64a16 16 0 0 1 16 16v95.64a16 16 0 0 0 16 16.05L464 480a16 16 0 0 0 16-16V300L295.67 148.26a12.19 12.19 0 0 0-15.3 0zM571.6 251.47L488 182.56V44.05a12 12 0 0 0-12-12h-56a12 12 0 0 0-12 12v72.61L318.47 43a48 48 0 0 0-61 0L4.34 251.47a12 12 0 0 0-1.6 16.9l25.5 31A12 12 0 0 0 45.15 301l235.22-193.74a12.19 12.19 0 0 1 15.3 0L530.9 301a12 12 0 0 0 16.9-1.6l25.5-31a12 12 0 0 0-1.7-16.93z"/></svg>

```r
head(mtcars,4)
```

```
                mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
Mazda RX4      21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
Mazda RX4 Wag  21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
Datsun 710     22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
Hornet 4 Drive 21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
```

```r
str(mtcars)
```

```
'data.frame':	32 obs. of  11 variables:
 $ mpg : num  21 21 22.8 21.4 18.7 18.1 14.3 24.4 22.8 19.2 ...
 $ cyl : num  6 6 4 6 8 6 8 4 4 6 ...
 $ disp: num  160 160 108 258 360 ...
 $ hp  : num  110 110 93 110 175 105 245 62 95 123 ...
 $ drat: num  3.9 3.9 3.85 3.08 3.15 2.76 3.21 3.69 3.92 3.92 ...
 $ wt  : num  2.62 2.88 2.32 3.21 3.44 ...
 $ qsec: num  16.5 17 18.6 19.4 17 ...
 $ vs  : num  0 0 1 1 0 1 0 1 1 1 ...
 $ am  : num  1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ gear: num  4 4 4 3 3 3 3 4 4 4 ...
 $ carb: num  4 4 1 1 2 1 4 2 2 4 ...
```

---

```r
colnames(mtcars)
```

```
 [1] "mpg"  "cyl"  "disp" "hp"   "drat" "wt"   "qsec" "vs"   "am"   "gear"
[11] "carb"
```

```r
table(mtcars$cyl)
```

```

4  6  8 
11  7 14 
```

---

# Data frame - Срезы <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:black;overflow:visible;position:relative;"><path d="M280.37 148.26L96 300.11V464a16 16 0 0 0 16 16l112.06-.29a16 16 0 0 0 15.92-16V368a16 16 0 0 1 16-16h64a16 16 0 0 1 16 16v95.64a16 16 0 0 0 16 16.05L464 480a16 16 0 0 0 16-16V300L295.67 148.26a12.19 12.19 0 0 0-15.3 0zM571.6 251.47L488 182.56V44.05a12 12 0 0 0-12-12h-56a12 12 0 0 0-12 12v72.61L318.47 43a48 48 0 0 0-61 0L4.34 251.47a12 12 0 0 0-1.6 16.9l25.5 31A12 12 0 0 0 45.15 301l235.22-193.74a12.19 12.19 0 0 1 15.3 0L530.9 301a12 12 0 0 0 16.9-1.6l25.5-31a12 12 0 0 0-1.7-16.93z"/></svg>

```r
dim(mtcars) 
```

```
[1] 32 11
```

```r
head(mtcars,4)
```

```r
mtcars[3,6] 
```

```
[1] 2.32
```

---

# Data frame  - Срезы <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:black;overflow:visible;position:relative;"><path d="M280.37 148.26L96 300.11V464a16 16 0 0 0 16 16l112.06-.29a16 16 0 0 0 15.92-16V368a16 16 0 0 1 16-16h64a16 16 0 0 1 16 16v95.64a16 16 0 0 0 16 16.05L464 480a16 16 0 0 0 16-16V300L295.67 148.26a12.19 12.19 0 0 0-15.3 0zM571.6 251.47L488 182.56V44.05a12 12 0 0 0-12-12h-56a12 12 0 0 0-12 12v72.61L318.47 43a48 48 0 0 0-61 0L4.34 251.47a12 12 0 0 0-1.6 16.9l25.5 31A12 12 0 0 0 45.15 301l235.22-193.74a12.19 12.19 0 0 1 15.3 0L530.9 301a12 12 0 0 0 16.9-1.6l25.5-31a12 12 0 0 0-1.7-16.93z"/></svg>

```r
mtcars[8,] 
```

```
           mpg cyl  disp hp drat   wt qsec vs am gear carb
Merc 240D 24.4   4 146.7 62 3.69 3.19   20  1  0    4    2
```

```r
mtcars[1:3,] 
```

```
               mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
Mazda RX4     21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
Mazda RX4 Wag 21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
Datsun 710    22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
```

```r
mtcars['Mazda RX4',c('mpg','cyl')]
```

```
          mpg cyl
Mazda RX4  21   6
```

---

# Data frame - Выбор данных по условию <svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:black;overflow:visible;position:relative;"><path d="M280.37 148.26L96 300.11V464a16 16 0 0 0 16 16l112.06-.29a16 16 0 0 0 15.92-16V368a16 16 0 0 1 16-16h64a16 16 0 0 1 16 16v95.64a16 16 0 0 0 16 16.05L464 480a16 16 0 0 0 16-16V300L295.67 148.26a12.19 12.19 0 0 0-15.3 0zM571.6 251.47L488 182.56V44.05a12 12 0 0 0-12-12h-56a12 12 0 0 0-12 12v72.61L318.47 43a48 48 0 0 0-61 0L4.34 251.47a12 12 0 0 0-1.6 16.9l25.5 31A12 12 0 0 0 45.15 301l235.22-193.74a12.19 12.19 0 0 1 15.3 0L530.9 301a12 12 0 0 0 16.9-1.6l25.5-31a12 12 0 0 0-1.7-16.93z"/></svg>

```r
mtcars[mtcars$cyl > 4 & mtcars$cyl < 8,]
```

```
                mpg cyl  disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
Mazda RX4      21.0   6 160.0 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
Mazda RX4 Wag  21.0   6 160.0 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
Hornet 4 Drive 21.4   6 258.0 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
Valiant        18.1   6 225.0 105 2.76 3.460 20.22  1  0    3    1
Merc 280       19.2   6 167.6 123 3.92 3.440 18.30  1  0    4    4
Merc 280C      17.8   6 167.6 123 3.92 3.440 18.90  1  0    4    4
Ferrari Dino   19.7   6 145.0 175 3.62 2.770 15.50  0  1    5    6
```

---

```r
*table(mtcars$cyl)
```
]
 
.panel2-vec7-user[

```

4  6  8 
11  7 14 
```
]

---
count: false
 
# Data frame - Выбор данных по условию
.panel1-vec7-user[

```r
table(mtcars$cyl)
*vec <- c(4,8)
*vec
```
]
 
.panel2-vec7-user[

```

4  6  8 
11  7 14 
```

```
[1] 4 8
```
]

---
count: false
 
# Data frame - Выбор данных по условию
.panel1-vec7-user[

```r
table(mtcars$cyl)
vec <- c(4,8)
vec
*mt <- mtcars[mtcars$cyl %in% vec,]
*table(mt$cyl)
```
]
 
.panel2-vec7-user[

```

4  6  8 
11  7 14 
```

```
[1] 4 8
```

```

4  8 
11 14 
```
]

---
count: false
 
# Data frame - Выбор данных по условию
.panel1-vec7-user[

```r
table(mtcars$cyl)
vec <- c(4,8)
vec
mt <- mtcars[mtcars$cyl %in% vec,]
table(mt$cyl)
*mt <- mtcars[!(mtcars$cyl %in% vec),]
*table(mt$cyl)
```
]
 
.panel2-vec7-user[

```

4  6  8 
11  7 14 
```

```
[1] 4 8
```

```

4  8 
11 14 
```

```

6 
7 
```
]