---
title: "Домашнее задание №9"
subtitle: "ФББ - R - 2023"
author: "Анна Валяева"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
# Настройки для отображения графиков в документе
knitr::opts_chunk$set(fig.align = 'center', out.width='60%', dpi = 300)

# Подгрузим tidyverse
library(tidyverse)

# Задать тему ggplot для всех графиков документа (можно изменить)
theme_set(theme_minimal())
```


**Дедлайн - 10 декабря 2023 23:59**

## Инструкция

Длы выполнения этого домашнего задания вам понядобятся пакеты из **Bioconductor**: org.Hs.eg.db, biomaRt и (опционально) AnnotationHub.

Обратите особое внимание на оформление домашнего задания и правила, озвученные на занятии.

Приводите весь код, который вам понадобился для получения ответа.

На основании заполненного .Rmd файла создайте .html файл.

Присылать заполненные .Rmd тетрадки и .html файл необходимо через [гугл-форму](https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSecJOGNwKHx8oulMGLg-vv-x9RP9vdiKbnP09gyToOxg7m5tA/viewform?usp=sf_link){target="_blank"}.


## Задание 1

Воспользуйтесь пакетом с аннотацией генов человека org.Hs.eg.db. Найдите `ENSEMBL` и `UNIPROT` идентификаторы для генов STAT1 и SERPINE1. Что это за гены - посмотрите на `GENENAME`? Опишите ваши находки.

```{r}

```


## Задание 2

Воспользуйтесь пакетом с аннотацией генов человека org.Hs.eg.db. Переведите все содержащиеся в org.Hs.eg.db `ENTREZ`-идентификаторы генов в символьные названия `SYMBOL` и `ENSEMBL` идентификаторы с помощью функции `AnnotationDbi::select()`.

Произошла ли однозначная конвертация идентификаторов? Если нет, то у скольких генов возникла такая проблема? 

```{r}

```


## Задание 3

BioMart отлично справляется с конвертацией идентификаторов генов, например, человека, однако он может быть еще полезен при конвертации идентификатров между разными организмами (определении ортологов). 

Допустим, вы нашли интересную статью, где результаты были получены с использованием мышиной модели. Вы же работате с человеческими клеточными линиями, но все же хотели бы проверить выводы статьи на ваших данных. В таком случае вам нужно идентификаторы генов мыши перевести в идентификаторы генов человека.

Для решения такой задачи удобнее всего создать два mart объекта - для мыши и человека. А затем с помощью функции `getLDS()` получить информацию из двух связанных объектов.

Если вы получаете следующую ошибку, попробуйте при создании mart объектов указать параметр `host`: например, `host = "https://jul2023.archive.ensembl.org/"`.

```{}
Error: biomaRt has encountered an unexpected server error.
Consider trying one of the Ensembl mirrors (for more details look at ?useEnsembl)
```


```{r}
mouse_genes <- c("Hdac2", "Timeless", "Prkcg", "Hlf", "Sin3a", "Ogt", "Id3", "Csnk1d", "Cdk5", "Ep300", "Cipc", "Relb")

```

## Задание 4

Давайте обратимся к базе данных генов человека Ensembl версии 98 (это можно сделать как с помощью biomaRt, так и с помощью AnnotationHub - выбирайте по своему вкусу) и изучим характеристики всех генов разных биотипов (белок-кодирующие, lncRNA и т.д.). Получите значения длин генов и постройте графики распределения для разных биотипов.

```{r}

```

