• Задавать вопросы(!!!!)

  на занятиях (наиболее приемлемый вариант)

  лично очно

  общий чат ТГ

  личные сообщения (если ситуация критическая и больше ничего не помогает)

• После 19:00 и по выходным (суббота и воскресенье) мы не работаем совсем!

• За сутки до любого дедлайна - день тишины!

Если вы не задаете вопросы, значит вы все поняли, и мы можем спрашивать материал в полном объеме и усложнять проверочные работы

• Коллоквиумы ~ 13 октября и 15 декабря

• Защита проектов ~ 22 декабря

• Пропускать занятия без потери баллов можно по уважительным причинам (медицинская справка, поездка на конференцию)

• Не ходите на занятия, если болеете!!!

• За очные проверочные работы начисляют первичные баллы (ПБ)

• За коллоквиумы начисляют ПБ

• Первичные баллы пересчитывают во вторичные быллы (ВБ) с учетом веса активности

• За проект сразу начисляют ВБ

• Максимум за курс можно получить 100 ВБ

• Преподаватели могут начислять (и отнимать!) дополнительные баллы за особые достижения

• Домашние задания вы делаете для тренировки, в рамках подготовки к самостоятельным работам и коллоквиумам

• Проверять домашние задания конечно же никто не будет

• Если вы столкнетесь с трудностями при выполнении домашних заданий - спрашивайте!

• Задание №0 любого домашнего задания - проработать материал занятия

• Задания на 15-45 минут во время некоторых занятий

• По материалам, разобранным на занятии или выданным для домашнего изучения

• Будет ~6

• Могут быть внезапными

• Можно писать только очно в классе

• Сдавать работы необходимо строго в оговоренное время, иначе работа не будет проверена

• Очные проверочные работы нужно прикреплять в форму. Убедитесь, что вам пришло письмо об успешной отправке файла

• Не переписываются совсем никак

• В случае пропуска по уважительной причине в конце семестра пересчитываем баллы

• За списывание зануляются баллы всем причастным

• Очные проверочные работы будут полностью проверены к 20 декабря

• На коллоквиумах необходимо сдать задачи из домашних заданий:

  • показать код любых задач на выбор преподавателя

  • ответить на вопросы по коду

  • поменять что-то в коде по запросу преподавателя

  • ответить на дополнительные вопросы при необходимости

  • по каждому домашнему заданию нужно хотя бы одну задачу

• Вас много, нас мало - сдаем весело, быстро, четко и сразу правильно

• Проект:

  • нужно поделиться на группы по 4 человека, в крайнем случае - по 3 человека, 5 человек в группе - плохо

  • каждой группе будет выдан набор данных

  • начнем распределять проекты за 4-5 недель до сдачи

  • необходимо проанализировать данные и представить в виде презентации

  • защита проекта проходит в виде доклада на последнем занятии в семестре

• Максимально участвовать в активностях

• Выполнить 60% всех очных самостоятельных работ

• Выполнить = отправить в срок корректно оформленную работу в требуемом формате и убедиться, что работа получена

• Сдать коллоквиумы = защитить 60% домашних заданий

• Поучаствовать в защите группового проекта

• Набрать в итоге более 60 ВБ

• Проверочные работы не переписываются

• В случае уважительной причины пересчитываем пропущенную проверочную работу по среднему

• В случае пропуска коллоквиума по уважительной причине можно сдать, договорившись с преподавателем

• Медицинские справки приносите в учебную часть в течение 3 дней после получения

• Зачет выставляется по результатам работы в семестре

• Окончательное количество проходных для зачета ВБ будет установлено ПОСЛЕ защиты проектов

• Допускаем недобор 1 балла, не больше (1.1 - это уже больше, чем 1)

• Грубые ошибки при защите проекта могут обнулить все ваши старания…

• Слезы, истерики, стенания вызывают аналогичные ответные мероприятия

• В курсе будут задачи и вопросы, касающиеся других предметов

• Считается, что все предметы из прошлых семестров (и из школы) вы усвоили

• Мы не повторяем, но спрашиваем!

• Непонимание материала прошлых семестров считается грубыми ошибками при защите проекта

• Например, если вы набрали 150 баллов из 100 в течение семестра, но на защите проекта упорно путаете РНК с ДНК или не можете назвать тип графика, который вы же и нарисовали - пересдача

• Нужно набрать недостающее количество баллов

• Подготовить к пересдаче необходимое количество индивидуальных проектов

• Ответить на теоретические вопросы:

  по R

  по материалу проекта

Допускаем недобор 1 балла, не больше (1.1 - это уже больше, чем 1)

Набор разных инструментов и навыков делает специалиста по анализу данных более разносторонним и гибким

Интеграция в существующие проекты

• Сколько всего вариантов?

• Сколько разных генов попало в таблицу?

• Сколько вариантов попало в белок-кодирующие гены, а сколько в гены длинных некодирующих РНК?

• В какие классы генов попали варианты и в каком количестве?

• Сколько вариантов каждого класса детектировано?

• Какие частоты у найденных вариантов?

• Сколько редких вариантов?

Через раз будет самостоятельная работа в RStudio!!!

Нужны ноутбуки!

• Первый шаг к воспроизводимости

• Можно вводить команды по одной в консоль и выполнять их

• Все действия будут отражены в вкладке History

• Как понять, какие команды нам подошли, а какие выдали ошибку или неудовлетворительный результат?

• Лучше сохранять только корректно работающие строки кода в нужной последовательности в файл

• Нужно добавлять комментарии

• Вы никогда не забудете, что и как вы делали

• Получившийся файл всегда можно просмотреть и перезапустить, в том числе с другими параметрами и входными данными

• Сохраняйте коды домашних заданий, самостоятельных работ, проекта до получения зачета

Создание отчета

Можно добавлять

• форматированный текст

• формулы

• таблицы

• код

• результат выполнения кода

• картинки

• ссылки

File -> New File -> R Markdown -> шаблон файла с “шапкой” -> удалить лишнее и добавить нужное -> сохранить -> Knit -> .html/.pdf/.doc

• Запускается целиком или по чанкам, сразу видны ошибки и проблемы

• Переменные и функции, инициализированные в одном chunk, будут работать во всей сессии

• echo - демонстрация кода

• eval - выполнение кода

• message и warnings - демонстрация предупреждений