#pragma css /css/2009.css
<<BI>>

= Работа с Pymol =

{{{#!wiki red/solid
Это занятие и последующие содержат задачи и только '''некторые''' подсказки. Основной источник информации для Вас это документация к программам. В данном случае это сайт [[ http://www.pymolwiki.org | PymolWiki.]]
}}}

Ваша рабочая директория: H:\Term6\Practice1. Отчёт по заданию должен появиться на сайте к следующему занятию. Подсказки к заданию [[2009/6/help2| см. здесь ]]. Поработайте в PyMOL с записью 1LMP банка PDB. Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.
 1. Оцените возможности Sculpting, в '''Wizard->Demo->Sculpting'''
 1. Средствами Tcl/Tk интерфейса ('''Wizard->Mutagenesis''') проведите мутацию в белке, которая по вашему мнению должна привести к потере связывания с лигандом. Предварительно оцените зону котнакта.

 1. Используя команды '''mset, mview, super, translate''' создайте анимационный ролик ('''mpeg''') где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание на указания в '''object motions''' на [[http://www.pymolwiki.org | pymolwiki ]].
 1. Приседените флуорусцентную [[ http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=2762604&loc=ec_rcs | метку TAMRA]] к белку через сложноэфирную связь. Используйте команды '''fuse''' и '''torsion'''.
 1. Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот. Псевдо-код вы можете найти в подсказках.
 1. * Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Примерный код и ссылки Вы сможете найти в подсказках. 
 1. * Совсем не обязательное, но бонусное задание это сделать красивый рендер на основе [[ https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Main/Modelling/Blender | этого урока. ]]