#pragma css /css/2010.css
<<BI>>


== Подсказки к заданию 1 ==
Создайте рабочую директорию H:/Term3/Practice2.

Программу Putty (если у кого ссылка на неё ещё не выставлена на Desktop) можно найти с помощью стандартных средств поиска Windows (Start -> Search -> All files and folders). Пароль и login для доступа на машину kodomo.cmm.msu.ru те же, что и для входа в ваш домен. 

Команда '''''ls''''' покажет содержание текущей директории. Команда '''''cd Term3/Practice2''''' позволит перейти в рабочую директорию.Для начала работы с программой ''fiber'' запустите (в командной строке машины kodomo-count) команду
{{{#!highlight bash
 fiber -h
}}} 
Выберите параметры и опции, необходимые для построения ваших структур. Для ввода последовательности ДНК используйте клавиатуру.

----
== Подсказки к заданию 3 ==

'''Имейте в виду, что большая бороздка не обязательно шире малой (но обязательно глубже). Где какая бороздка, разберитесь визуально.'''
 
 * Измерение шага спирали

 Изобразите шариками атомы какого-нибудь одного типа (P или C1* или ещё какого-нибудь...), поверните структуру так, чтобы она была видна "с торца" и оставьте в графическом окне только одну из двух цепей. Определив границы витка, измерьте 
    *  расстояние между соответствующими атомами  
    *  число нуклеотидов, составляющих виток. 

 * Измерение ширины большой и малой бороздок.

Ширина бороздки определена для конкретного нуклеотида в достаточно регулярной структуре. Это расстояние от атома фосфора данного нуклеотида до некоторого фосфора комплементарной цепи - такого, что расстояние до соседних фосфоров несколько больше.

----
== Подсказки к заданию 4 (работа с 3DNA) ==

Пакет 3DNA — один из популярных пакетов программ для анализа и простейшего моделирования структур нуклеиновых кислот. 

В пакет входят программы для 
 * простейшего моделирования структуры нуклеиновых кислот (например, уже знакомая вам по заданию №4 программа '''''fiber''''');
 * анализа параметров структуры нуклеиновых кислот (программы '''''find_pair''''' и '''''analyze''''' ); 
 * получения популярных способов изображения структуры нуклеиновых кислот (программы '''''pdb2img''''', '''''stack2img''''', '''''rotate_mol''''' ); 
 * некоторые вспомогательные программы (например, '''''ex_str''''', вырезающая фрагмент структуры). 

Предлагаемая вам версия пакета работает в операционной системе LINUX. Все программы совместимы, т.е. можно написать скрипт, последовательно выполняющий ряд команд, и конвейер (pipe), передающий выходной файл одной программы на вход другой

Запуск любой программы пакета с опцией ''-h'' выведет на экран краткое описание программы и подсказку к ней.

Для анализа структур нуклеиновых кислот будем использовать программы '''''find_pair''''' и '''''analyze'''''. 

Программа '''''find_pair''''' определяет спаренные основания и положения спиралей в структуре. Синтаксис: 
{{{#!highlight bash 
find_pair -t XXXX.pdb XXXX.fp   
}}}
(не забудьте об опции -t ,т.к. часто модифицированные нуклеотиды РНК описаны в поле HETATM, а не ATOM!)
 
Полученные данные необходимы для работы '''''analyze'''''. Можно перенаправить результат работы '''''find_pair''''' на вход программе '''''analyze''''': 

{{{#!highlight bash 
find_pair -t XXXX.pdb stdout | analyze 
}}}
 В результате будет создан ряд файлов с описанием разных параметров структуры, в файле XXXX.out можно найти описание водородных связей, значения всех торсионных углов, ширину малой и большой бороздки..

В файл staking.pdb будут записаны преобразованные координаты всех динуклеотидных пар, их используют для получения общепринятого изображения стекинг-взаимодействий. Для получения такого изображения нужно
 * в исходном файле PDB определить номера остатков, между которыми предполагаете стекинг-взаимодействие
 * найти в файле staking.pdb номер структуры (Section#0008 - это структура №8), описывающей координаты искомых нуклеотидных остатков
 * вырезать эту структуру в отдельный файл с помощью команды 
{{{#!highlight bash 
 ex_str -8 stacking.pdb step8.pdb
}}}
 * построить изображение с помощью команды 
{{{#!highlight bash 
 stack2img -cdolt step8.pdb step8.ps
}}} 
Получившийся ps-файл можно непосредственно импортировать в документ Word. Чтобы вставить картинку в HTML-документ, придётся открыть ps-файл ассоциированной программой Ghost и конвертировать картинку в формат PNG или JPEG.

Программа '''''pdb2img''''' даст изображение полной структуры нуклеиновой кислоты, в котором нуклеотиды представлены как блоки. Чтобы выбрать необходимые параметры и опции программы '''pdb2img''', запустите её с опцией `-h` и внимательно прочитайте выданную подсказку. 

Для поворота молекулы можно использовать программу '''''rotate_mol'''''.

Желающие могут почитать [[http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_09/term3/x3dna.pdf|подробное описание пакета ]] (в формате pdf).